מקורם של הסובוטניקים בהיסטוריה הרוסית לפני כ-200 שנה. משמעותו של המושג "סובוטניק" הוא בשפה הרוסית "סובוטה" - "שומר שבת", קרי כת ה"שובתים" או "שומרי שבת".
בסוף המאה ה-18 התפתחה ברוסיה תופעה מעניינת, קבוצות של נוצרים החלו לאמץ לעצמם אורח חיים יהודי. תחילה הם הפכו ל"מתייהדים" כלומר חיים כיהודים אולם מאוחר יותר חלקם עברו תהליך של גיור והצטרפות לעם היהודי.
גל ההתגיירות ההמונית ברוסיה הגיע לשיא בראשית המאה ה-19. כפרים רבים ואפילו מחוזות שלמים של תושבים ממעמדות שונים, סוחרים בעלי מלאכה ועיקרים באו בהמוניהם ונלוו לקהל עדת ישראל ומצאו לעצמם שוחטים ומוהלים מליטא.
ניתן להגדיר את הגרים הסובוטניקים כבניה של "תנועת ההתגיירות" של המאה ה-19 ברוסיה. תנועת ההתגיירות הייתה המשכה הטבעי של הכיתות הנוצריות "שומרות השבת". מקורות שונים בין ההיסטוריונים מעידים על מעבר בין "סובוטניקיות" לשמירת יהדות מלאה. ככל הנראה זה גם מה שגרם להתנגדות כל כך חזקה מצד הצאר ומצד הכנסייה לתופעה של התייהדות.
לדברי ההיסטוריון יוסף קלוזנר "הגרים הלא הם אנשים רוסיים, שקיבלו עליהם דת יהודית מתחילה רק למחצה לשליש ולרביע – ואחר כך אף בשלמות".
אין בידנו דברים ברורים באשר לסיבה שהביאה את הגרים הסובוטניקים לעזוב את דתם הנוצרית ולאמץ את היהדות. מקורות מסוימים מציינים שהם שאלו את עצמם: "אם הנצרות הולכת בעקבות היהדות, מדוע לא נקיים את המקור עצמו? את מצות תורת משה?
דבר אחד וודאי: היה דרוש אומץ רב לעמוד מול האנטישמיות והאפליה הרודנית של רוסיה תחת הצאר ולהחליט לאמץ את הדת היהודית בפרהסיא.