(יד) וַיֹּאמֶר ה' אֶל מֹשֶׁה כְּתֹב זֹאת זִכָּרוֹן בַּסֵּפֶר וְשִׂים בְּאָזְנֵי יְהוֹשֻׁעַ כִּי מָחֹה אֶמְחֶה אֶת זֵכֶר עֲמָלֵק מִתַּחַת הַשָּׁמָיִם: (טו) וַיִּבֶן מֹשֶׁה מִזְבֵּחַ וַיִּקְרָא שְׁמוֹ ה' נִסִּי: (טז) וַיֹּאמֶר כִּי יָד עַל כֵּס יָהּ מִלְחָמָה לַה' בַּעֲמָלֵק מִדֹּר דֹּר: (פרק יז)
בתום המלחמה עם עמלק נצטווה משה לכתוב זכרון בספר את מחיית זכר עמלק. הרש"ר הירש מדגיש שהמחייה היא של "זֵכֶר עֲמָלֵק" – "לא עמלק, אלא זכרו ותהילתו של עמלק - הוא הגורם רעה לעתידה המוסרי של האנושות. כל זמן שספרי הזכרונות של האנושות יקשרו כתרי תהילה לראשם של גיבורי החרב; כל עוד שחונקיו ורוצחיו של אושר האדם לא ירדו לטמיון הנשייה - יביטו דורות הבנים בהערצה אל אותם גדולי בעלי הזרוע, וזכרם יעורר את הרצון להידמות להם במעשי אלימות ותהילה".
מחיית זכר עמלק היא אפוא מחיית השחיתות המוסרית המתפתחת מהערצת גיבורי החרב והרוע בעולם. מחיית זכר עמלק ומאידך חיזוק תורת המוסר האלוקית הן "התכלית הסופית של השגחת ה' בהיסטוריה". הנצחון של ישראל על עמלק הוא בעצם צעד ראשון למימוש התוכנית האלוקית.
תגובתו של משה לתובנה זו היתה בניית מזבח. הרש"ר הירש מציין שבניית מזבח היתה גם תגובתו של יעקב לאחר נצחונו במאבק הלילי כנגד שרו של עשו (סבו של עמלק), ולאחר זכייתו לשם "ישראל". על פשר הדבר הוא כותב:
"גדולתו של עמלק היא בכוח ההרס. שליחותו של ישראל היא בכוח הבנייה, הווה אומר: הקמתו-הרמתו של כל דבר ארצי לפני ה' בדרכי השלום והאנושיות".
משה בונה מזבח כביטוי לשליחותם של ישראל בבניית העולם ותיקונו. על המזבח מקריבים קרבנות לה'; המזבח מייצג אפוא את "חזון העלאתו של דבר גשמי אל ה'" (לשון הרש"ר הירש להלן כ, כא). חזון זה הוא למעשה בניית העולם והוא הפוך לחלוטין לחרב שנועדה להרוס; לכן אסור להניף חרב על המזבח – "תעודת המזבח אינה סתירת החיים, אלא בניינם, ולא החרב, מכשיר הכוח והאלימות, תתקדש על-ידי מזבח ישראל" (שם, כב). בניית המזבח היא אפוא ביטוי לניצחון הבנייה על ההרס שמייצג עמלק.
אכן כאמור ניצחון זה, המבוטא על ידי בניית המזבח, משמעותי לא רק לשעה כי אם גם לדורות:
"הקמת-מזבח זו מסמלת כי באחרית הימים תתעלה כל הארץ ותיעשה למזבח ה', וזה היפוכה של חרב עמלק".
בסופו של דבר תגבר הבנייה על ההרס, יגבר מזבח ה' על חרב עמלק. לא ישא גוי אל גוי חרב, אלא העולם כולו יהיה למזבח ה'. התעלות ורוממות, והיה קודש.