פרשת בהעלותך עמוסה היא בנושאים רבים הקשורים בעיקר בהכנות המעשיות לנסיעה לארץ ישראל ולעיכובים שבדבר. וכשמעיינים בהפטרה נראה שוב שהקשר בינה לבין הפרשה מבוסס על דמיון בין פרשת המנורה הנותנת את שמה לפרשה כולה לבין חזון המנורה שבהפטרה. ובכל זאת ברור למדי שאי אפשר להסתפק בכך שהרי פרשת המנורה תופסת סה"כ ארבעה פסוקים מתוך המאה שלושים וששה פסוקים שבפרשה כולה. לכן, אם נבסס את הקשר בין הפרשה להפטרה על נושא המנורה, הרי אנחנו מפספסים גם את משמעות הפרשה וגם את זו של ההפטרה.
על פי פירושו של רש"י, הפסוקים הראשונים שבפרשתנו שייכים בעצם לסוף הפרשה הקודמת. ענין המנורה אמור להוות נחמה לאהרון על כך שלא הוא ולא שבטו השתתפו בחנוכת המזבח. הדבר קשור לבחירת שבט לוי לעבוד את עבודת בני ישראל. מדקדוק פסוק י"ט שבפרק ח', ניתן להבין שספר במדבר הוא הספר שבא ללמדנו לדורות מה הוא ה"נגף" שעלול לנגוף את בני ישראל בגשת בני ישראל אל הקודש (שהוא כנגד ספר דברים), היינו בנסיעתם וכניסתם לארץ ישראל שספר משנה תורה נאמר ע"י משה רבנו לדור באי הארץ דוקא. לכן נראה שאפשר ללמוד קודם כל בנושא המנורה שהשתדלותו של אהרון חייבת להיות לחבר יחד את עולם החול - ששת הנרות החיצוניים - עם עולם הקודש, הנר האמצעי, כי זהו התנאי לכך שיאירו שבעת הנרות באמת. הדבר מתאפשר באמת רק בארץ ישראל, כי בחוץ לארץ הטבע אינו סתם חול אלא גם טמא, דבר הגורם ניגוד בין התורה - הקודש - ובין הטבע - המציאות החילונית.
גם ההפטרה עוסקת למעשה בענין הקשיים הקשורים לשיבה מן הגלות, בימי זרובבל מחד, ומאידך בעת הגאולה האחרונה, זו שאת חבלותיה אנו חיים. רבי יהודה הלוי מחדש כאן בכוזרי חידוש מהפכני: הוא אומר שלאמיתו של דבר, גם מה שנראה בהפטרה כשייך לימות המשיח היה צריך להתרחש בבית שני, אלא שהוחמצה ההזדמנות כי רוב עם ישראל נשאר בגלות. לכן אנו צריכים ללמוד מהפרשה ומן ההפטרה איך לא לחזור על אותן הטעויות כדי ששיבת ציון שבימנו תהיה כמה שיותר מצד הרחמים, כפי שאנו חוזרים ומתפללים: ולירושלים עירך ברחמים תשוב, ותחזינה עיננו בשובך לציון ברחמים, וכן רבים. כי הגענו לתקופה שעליה נאמר "בעיתה" ובין כך ובין כך רצון השם ייעשה ורק הדרך תלויה בנו, אם קלה או קשה.
וכן החבר, אחרי שהסביר למלך כוזר את חשיבותה של ארץ ישראל מבחינה דתית הלכתית (מאמר שני עד פרק כג) מקבל מאת הכוזרי תוכחה גלויה: "אם כן הלא עובר אתה על מצוה המחויבת לפי תורתך אם אינך עולה אל המקום ההוא ואינך עושהו בית חייך ומותך? … אם כן אין כריעתך והשתחויתך נכחה כי אם מעשה צביעות או עבודה שאין עמה כונה!…".
לזאת עונה החבר: ""אכן מצאת מקום חרפתי, מלך כוזר! כי אמנם חטא זה הוא אשר בגללו לא נתקיים היעוד אשר יעד האלוה לבית השני… עכשיו שאין הדבר כן, אין הדברים שאנו אומרים בתפילותינו … כי אם כדיבור התוכי וכצפצוף הזרזיר כי בלא כוונת הלב אנו אומרים דברים אלה…".
אבל, מאוחר יותר, כשהחבר מגלה לכוזרי את כונתו לעזוב אותו כדי לעלות לארץ ישראל, שואל אותו הכוזרי על הסכנות, במיוחד עתה שאין השכינה גלויה בארץ. האם הכונה הטובה אינה מספיקה? כי אז מלמדו - מלמדנו - רבי יהודה הלוי לקח חשוב (פרק ה', כ"ז): הכונה אכן חשובה, כל עוד המעשה נמנע מאונס. אבל כשהמעשה אפשרי, אין לכונה שאין המעשה מצטרף אליה ערך של כלום. והלא מכניס האדם את עצמו לכל מיני סכנות כדי להתפרנס? ולסיום ספרו אומר רבי יהודה הלוי את הדברים הבאים, היפים גם לנו היום: "גם מי שמעורר בלב בני אדם אהבה למקום הקדוש ראוי לשכר בלא ספק והוא מקרב עת בוא תקותנו, כמה שנאמר: "אתה תקום תרחם ציון כי עת לחננה כי בא מועד, כי רצו עבדיך את אבניה ואת עפרה יחוננו", זאת אומרת: ירושלים לא תבנה כי אם כאשר ישתוקקו אליה בני ישראל תכלית תשוקה עד אשר יחוננו את אבניה ואת עפרה. ואז לא נשאר לכוזרי כי אם לומר: אם כן הדבר, אין זה כי אם חטא למנוע אותך ואין זה כי אם מצוה לסיע לך. יעזרך האלוה ויהיה לך מגן ומושיע ויחוננך חסדו. שלום רב עליך!
אם אנו יודעים לקרוא, אם אנו מבינים כי כל ספר חשוב נמצא כולו בהתחלתו ובסופו, אנו מבינים כי הסיבה לכך שאפילו לא עלה בדעת מלך כוזר לפנות ליהודים לפתרון חלומו, בטענה כח שפלותם מעידה עליהם שעבר זמנם, נובע מכך שאנו נשארים בגלות - ומשאירים את השכינה שם במקום להחזירה איתנו לארצנו. ואז רני ושמחי בת ציון כי הנני בא ושכנתי בתוכך נאם ד'. ונלוו גוים רבים אל ד' ביום ההוא והיו לי לעם ושכנתי בתוכך וידעת כי ד' צבאות שלחני אליך. ונחל ד' את יהודה חלקו על אדמת הקודש ובחר עוד בירושלים. הס כל בשר מפני ד' כי נעור ממעון קדשו.