משרד הבריאות הורה למנהלי בתי החולים, לסגור באופן מיידי את כל בתי הכנסת בבתי החולים בישראל. ההוראה הגיע לאחר התייעצות עם הרב הראשי לישראל, הרב יצחק יוסף, שכתב על כך גם בתשובתו המפורטת בשו"ת הנוגע למצב, עקב התפשטות הקורונה.
"לאחר דיון מקצועי עם הגורמים הרפואיים ואחרים הקשורים לנושא שבכותרת, בירור ההלכה ושיקול דעת מרבי ביחס לסיכון הקיים בהפעלת בתי-הכנסת, ועם התקבל פסק הלכה מכבוד הראשון לציון הרב הראשי יצחק יוסף שליט"א נשיא מועצת הרבנות הראשית, הוחלט כי יש לסגור את בתי הכנסת שבמרכזים הרפואיים, עד יעבור זעם", נאמר בחוזר שהוציא משרד הבריאות.
עוד נאמר כי "בבתי הכנסת, מתכנסים אנשים רבים לתפילות וללימוד. לא תמיד ניתן לשמור על הכללים שנקבעו על ידי שירותי בריאות הציבור למרחק הנדרש בין בני-אדם בעת הזאת ולאוורור מתאים. מאחר
שלבתי הכנסת שבמרכזים הרפואיים מגיעים מטופלים במצבים שונים, וביניהם בעלי מערכת חיסון חלשה, החוזרים לאחר מכן למחלקות, וכן אנשי צוות וכוחות עזר היוצרים מגע ישיר עם מטופלים, וכן אנשים מבחוץ שאיננו יודעים אם ח"ו לא היו במגע עם חולי קורונה, על-כן הוחלט לסגור את בתי הכנסת לתקופה הקרובה. בתפילה ובתקווה שזו תהיה קצרה. הערכת מצב תיעשה במשך הזמן".
הרב יצחק יוסףצילום: פלאש 90. דוד כהן
בתשובתו בנושא כתב הרב יוסף כי "בעניין השאלה לגבי בתי כנסת שבתוך בתי החולים, יש להורות לסגור את כל בתי הכנסת הללו בימים אלה, כיון שהמחלה הנ"ל פוגעת בעיקר במי שמערכת החיסון שלו נמוכה, ובדרך כלל המתפללים באותם בתי כנסת הם החולים והרופאים אשר סכנתם מרובה יותר, מה גם שבדרך כלל בתי כנסיות אלו קטנים וצפופים, וקשה מאוד ליישם את הוראות הרופאים שלא להתקהל יותר מעשרה בני אדם, וכן להתרחק לפחות שני מטרים בין אדם לאדם. ועת לעשות לה' הפרו תורתך".
עוד כתב הרב יוסף: "אנחנו סומכים לגמרי על החלטות הרופאים, ומחויבים שלא לסור מהנחיותיהם, ובכלל זה גם לענין חילול שבת במקום שיש חשש פיקוח נפש אשר הוא דוחה את כל התורה כולה, וכמו שאמרו חז"ל במסכת יומא (פה:), חלל עליו שבת אחת כדי שישמור שבתות הרבה, וכן למדו ממה שנאמר בפסוק "וחי בהם" ולא שימות בהם. ולכן במקום חשש חולי שיש בו סכנה, מצוה לחלל עליו את השבת, והזריז הרי זה משובח, והשואל הרי זה שופך דמים, וכמבואר בשלחן ערוך או"ח (סי' שכח סעיף ב)".