תכנית המאה מעוררת קולות מנוגדים ביהודה ושומרון, לגבי המשמעויות שלה מצד אחד החלת הריבונות ביהודה ושומרון ומנגד ההכרה במדינה פלסטינית שתוקם. במועצת יש"ע דוחים את עסקת המאה,בעיקר לאור הכוונה לכלול בה הקמת מדינה פלסטינית. בהודעה מסרו "אנחנו מוטרדים מאוד. לא נוכל להסכים לתוכנית שתכלול הקמתה של מדינה פלסטינית שתהווה איום על מדינת ישראל וסכנה גדולה לעתיד".
עוד נכתב בהודעה ש"אנו מצהירים כי לא נאפשר הקמת מדינה פלסטינית גם במחיר של ויתור על ריבונות במרחבי יהודה, שומרון ובקעת הירדן. אנו דורשים מראש הממשלה השרים וחברי הכנסת לא לקבל הסכם הכולל בתוכו הקמת מדינה פלסטינית בכל אופן שהוא".
מנגד עומד ראש עיריית אריאל, אלי שבירו וכתב נגד עמדת מועצת יש"ע: "יו"ר מועצת יש"ע ומספר מצומצם של ראשי רשויות יצאו בהודעה בתקשורת במפתיע וללא עדכון כלל ראשי הרשויות החברים המועצה. בהודעתם התנגדו לתכנית המאה של הנשיא טראמפ בשל הכוונה להקים מדינה פלסטינית.
אני וראשי רשויות נוספים מיו"ש סבורים כי זו הצהרה חסרת אחריות שכן איש לא יודע עדיין מה התכנית כוללת".
עוד הוסיף ראש העיר: "אנחנו כן יודעים כי החלת ריבונות על בקעת הירדן ויישובים ביו״ש היא צעד מבורך להתיישבות ולמדינת ישראל גם במחיר הצהרה על הקמת מדינה פלסטינית על 70% משטחי יהודה ושומרון, בתנאי שלמדינת ישראל תשמר הזכות לשמור על האינטרסים הבטחוניים שלנו. להערכתי הפלסטינים יסרבו להצעה".