הבוקר (ב') החל במרכז המבקרים בשילה הקדומה הליך מבוקר של הזרעת פרות, במטרה להעמיד דור חדש של פרות אדומות העונות לדרישות ההלכתיות. המהלך מגיע לאחר שלפני מספר שנים יובאו מארצות הברית ארבע פרות אדומות, אולם שתיים מהן נפסלו לאחרונה לשימוש הלכתי בעקבות צמיחת שערות בודדות בצבע שחור ולבן. שתי הפרות הנותרות, שנמצאו כשרות לחלוטין, הגיעו לגיל ארבע, ובמרכז לחקר הפרה האדומה הוחלט ליזום קו דורות חדש כדי למנוע סיכונים עתידיים.
ההליך הנוכחי משלב מחקר גנטי ושיטות הזרעה חדשניות, כאשר ההזרעה מבוצעת דווקא על הפרות שנפסלו, מתוך הערכת החוקרים ואנשי ההלכה כי הפוטנציאל הגנטי שלהן עשוי להביא לעולם עגלות אדומות לחלוטין. כדי למנוע יצירת מום גופני הפוסל את הפרה לפי ההלכה, הפרות מוחזקות בתנאים סטריליים. בניגוד למקרה שנרשם בעבר ברמת הגולן, שבו ניקוב אוזן לצורכי רישום כמקובל בענף הבקר הוביל למחלוקת הלכתית, הפרות בשילה לא סומנו מעולם ואוזניהן נותרו ללא רבב. במרכז מסבירים כי מטרת הפרויקט היא הכנת התשתית הלימודית והמחקרית לקיום טקס הטהרה בהר הזיתים.
לסוגיה זו יש גם משקל גאופוליטי, לאחר שהנושא הגיע בעבר לתעמולה של ארגוני טרור באזור, ואף צוין על ידי דובר חמאס כאחד הנימוקים למתקפת ה-7 באוקטובר בטענה מצידם כי מדובר בהכנה מעשית לבניית בית המקדש ושינוי הסטטוס-קוו בהר הבית. במקביל לפעילות המחקרית והמדעית, מרכז המבקרים בשילה הקדומה ממשיך לפעול כרגיל ופותח את שעריו לציבור הרחב לצפייה בפרות.