עליזה מגן, דמות מרכזית במוסד ומי ששימשה כמשנה לראש הארגון, הלכה הבוקר (ב') לעולמה. מגן, ילידת ירושלים, הצטרפה למוסד בצעירותה והייתה שותפה למאות מבצעים ביטחוניים בארץ ובעולם. במהלך הקריירה הארוכה שלה שימשה בתפקידי פיקוד בכירים, עד שמונתה למשנה לראש המוסד תחת שלושה ראשי מוסד שונים.
"עליזה הייתה מעמודי התווך של המוסד"
בהודעה שפרסם המוסד נכתב: "ראש המוסד, דוד ברנע, עובדי ועובדות המוסד וגמלאיו, מביעים צער עמוק על לכתה של המפקדת עליזה מגן ז"ל... עליזה הייתה מעמודי התווך של המוסד, והשאירה חותמה על דורות של עובדי ועובדות המוסד אשר חונכו על פי מורשתה וערכיה. יהיה זכרה ברוך". עוד נכתב כי מגן הקדישה את חייה לביטחון ישראל, והייתה דמות משמעותית ומוערכת בארגון.
שרת השוויון החברתי, מאי גולן, הצטרפה להספדים וציינה את תרומתה יוצאת הדופן: "כולנו מוקירים את המשנה לראש המוסד לשעבר, עליזה מגן ז"ל... לוחמת צללים פורצת דרך... תרומתה האדירה למדינת ישראל בכלל ולקידום נשים בפרט לא תסולא בפז, במעשיה ובדרכה סללה דרך והיוותה מקור השראה עבור נשים רבות במערכות הביטחון ובשירות המדינה".