במקביל להתנגדותו של הרמטכ"ל הרצי הלוי לתחקור פעולות צה"ל על ידי מבקר המדינה, בצבא ממנים שורת מפקדים שתפקידם לחקור את הקרבות ביישובי הדרום, כך פורסם הערב (ה'). מצה"ל נמסר כי המפקדים אחראים על תהליך התחקיר בגזרות על כלל היבטיו, תוך שימת דגש לשיח עם התושבים ואיסוף כלל תיעוד מימי הלחימה. תהליך התחקור עתיד להסתיים במהלך חודש יוני, בהתאם לתמונת המצב המבצעית.
רשימת המפקדים שמונו
- בארי - אלוף (מיל') מיקי אדלשטיין
- זיקים (יישוב וחוף) - מח"ט 5, אל"ם טל קוריצקי
- נחל עוז - אל"ם (מיל') ירון סיטבון
- כיסופים (יישוב ומוצב) - מח"ט 14, אל"ם טל אלקובי
- כפר עזה - מח"ט 55, אל"ם עודד זימן
- מוצב נחל עוז - מח"ט 551, אל"ם עידו קס
- מוצב פגה - אל"ם (מיל') נועם בן ארי
- מחנה רעים - סמאו"ג 143, אל"ם אלי טולדנו
- מעבר ומת"ק ארז - מפק"ץ פו"מ אלון, אל"ם גידי כפיר אל
- ישע, יתד, חולית, מבטחים, כרם שלום, מגן, מוצב אמיתי, ניר יצחק, סופה, פריגן ושלומית - צוות בהובלת מפקד עוצבת אדום, תא"ל איתמר בן חיים
- עין השלושה -מפקד פו"מ אלון, אל"ם זיו נמני
- נירים - מח"ט 646, אל"ם אלעד שושן
- ניר עוז - מח"ט 454, אל"ם יותם ברנשטיין
- נתיב העשרה - מח"ט 12, אל"ם עברי אלבז
- נתיבות ויכיני - מפק"ץ פו"מ אפק, סא"ל צפריר הר שושנים
- עלומים (יישוב ומוצב) - קצין אג"ם מפע"ם, אל"ם עידו סעד
- צומת שער הנגב וחץ שחור - מפקד מלט"ק, אל"ם אריק מויאל
- רעים, צומת רעים וצומת גמה - מפק"ץ פו"מ, אל"ם יגאל דדו
- שדרות - מח"ט ירושלים (16), אל"ם ניתאי עוקשי
- תחקירי גזרת יפתח וצומת יד מרדכי - מפק"צ במלט"ק, סא"ל מאור צדקה
- תחקירי גזרת כיסופים - מפק"צ במלט"ק, סא"ל נוף בראון
- תחקירי גזרת כרם שלום - מפק"צ במלט"ק, סא"ל פז גדיה
- תחקירי גזרת נחל עוז - מפק"צ במלט"ק, סא"ל יוני דהן
פעילות כוחות צה"ל תחת פיקוד משטרת ישראל באופקים מתוחקרת ע"י ידי מח"ט 261, אל"ם יהודה ואך. הקרב באורים מתוחקר על ידי פיקוד העורף בסנכרון עם אוגדת עזה. עם זאת, טרם נקבע מי יהיה הקצין שיתחקר את אירועי מסיבת הנובה ברעים, והוא צפוי להתמנות בהמשך.