לפני שבועות ספורים בוטלה הרשעתו בפלילים של הרב אליהו בקשי דורון בפרשת הרבנים. ביטול זה הגיעה שנה לאחר שהרב נפטר מקורונה. בית המשפט העליון קיבל את טענת פרקליטו עו"ד ירון קוסטליץ', וקבע כי הראשון לציון לא היה כשיר לעמוד לדין בשל מצבו הרפואי ובעקבות כך ביטל למפרע את ההליך הפלילי.
היום, (ד'), הפרקליטות הודיעה על כוונתה לקיים דיון נוסף בפסק הדין שביטל את הרשעתו של הרב בקשי דורון. יחד עם זאת, הפרקליטות מצהירה כי גם אם אכן יתקיים דיון, היא לא תבקש להחזיר על כנו את גזר הדין נגדו אשר כולל קנס בסך 250 אלף שקל.
על פי כתב האישום, תחילת הפרשה במכללות ללימודים תורניים במסגרתם למדו מאות רבות של משרתים בכוחות הביטחון תוכנית לימודים מקוצרת. בסיום הלימודים קיבלו מרבית הלומדים תעודות "השכלה תורנית גבוהה", אשר העניקו להם הטבות שכר בסך עשרות מיליוני שקלים במרמה בדומה לתארים אקדמיים, זאת על אף שהתוכנית והבחינות לא עמדו בדרישות הסף שקבעה מועצת הרבנות הראשית לעניין.
בשנת 2013 נפתח משפטו של הרב הראשי לשעבר והייתה זו הפעם הראשונה בהיסטוריה של המדינה בה הועמד לדין רב ראשי לשעבר. על פי כתב האישום, הרב דורון הואשם כי ידע על כך שהמכללות שהוקמו בשעתו על מנת להעניק תארי רבנות לאנשי כוחות הביטחון, אינן עומדות בתנאים הנדרשים לכך. באמצעות אותם תארים, קיבלו מאות מאנשי כוחות הביטחון עשרות מיליוני שקלים במרמה.
התיק נגדו נסגר כבר בשנת 2007 והודעה בנושא נמסרה לו, אלא שבעקבות עדויות של הרב במשפטיהם של מעורבים אחרים בפרשה, החליטה הפרקליטות לפתוח מחדש את התיק נגדו, לנסח כתב אישום ולהעמידו לדין.
בדצמבר 2012 הגיש הרב הראשי לשעבר, הרב אליהו בקשי דורון, בקשה תקדימית למשפט מהיר, זאת על מנת שיוכל ”לזכות לראות את חפותו ואת שמו מטוהר בשער בת רבים בעודו בחייו המלאים", זאת בשל מצבו הרפואי הרעוע.
בשנת 2017 גזר שופט המחוזי בירושלים צבי סגל שנת מאסר וקנס כספי בסך רבע מיליון שקלים על הרב הספרדי הראשי לישראל לשעבר, אך עם זאת צוין בהכרעת הדין צוין כי הרב בקשי דורון לא קיבל דבר לכיסו בעקבות מעשיו.
ח״כ משה ארבל (ש"ס)תקף את הפרקליטות בתגובה להחלטה ומסר: "אני מצר על להט פרקליטות המדינה לנסות למצות שוב את הדין מול הגאון הראשון לציון הרב אליהו בקשי דורון זצ"ל אחרי שנפטר בשנה שעברה מנגיף הקורונה. הראשון לציון הרב בקשי דורון היה גדול בתורה ונשיא ארגוני צדקה וחסד רבים. בקשת הפרקליטות לקיים דיון נוסף אחרי פסיקת בית המשפט העליון הינה מהלך דווקני ומיותר הפוגע בעיקר בשלטון החוק, מרסק ומפורר את המעט שעוד נותר מאמון הציבור במערכת אכיפת החוק. אמון הציבור נצרך בפרט בעת הזו הרבה יותר מאשר הכרעה בשאלה משפטית תיאורטית ולא מעשית".