שנה אחרי שנפטר מקורונה, בוטלה הרשעת הרב הראשי לשעבר אליהו בקשי דורון בפרשת הרבנים. בית המשפט העליון קיבל את טענת פרקליטו, עו"ד ירון קוסטליץ', וקבע כי הראשון לציון לא היה כשיר לעמוד לדין בשל מצבו הרפואי ובעקבות כך ביטל למפרע את ההליך הפלילי, כך התפרסם לראשונה ב-YNET. משפטו של הרב הראשי לשעבר, הרב אליהו בקשי-דורון, ב“פרשת הרבנים“ הייתה למעשה הפעם הראשונה בהיסטוריה של מדינת ישראל, בה עומד רב ראשי לשעבר לדין. מספר שנים לאחר מכן הועמד לדין הרב הראשי לשעבר יונה מצגר בפרשה אחרת.
השופטים ניל הנדל, ג'ורג' קרא ויעל וילנר קבעו את ההחלטה. הנדל כתב בפסק הדין: "בנסיבות המצערות של פטירת הרב בקשי דורון זצ"ל, התוצאה של הפסקת ההליכים היא התוצאה הסופית, כמו רוח המהדהדת בין העצים".
הראש"ל הגר"י יוסף בתגובה להחלטת בג"ץ לבטל את ההליך נגד הראש"ל הגר"ב דורון זצ"ל: "בעיניי ובעיני רבים לא נפל בו רבב מעולם, והוא זכור תמיד כמי שרומם את קרן הרבנות ואת לב העם".
עו"ד ירון קוסטליץ אמר לאחר ההחלטה: "זכות גדולה הייתה לייצג את הרב בקשי דורון ז"ל, ואשרינו שבית המשפט העליון קיבל את הערעור והורה על ביטול ההליך הפלילי נגדו, כך שהעננה בשל פרשת הרבנים הוסרה היום באופן סופי מעל מורשתו האדירה".
בני משפחתו של הרב אליהו בקשי דורון מסרו בתגובה: "הזיכוי ופרסומו חשובים לציבורים אחרים שלא זכו להכיר את אישיותו הרמה של הרב זצ"ל. אנו, ואלפי תלמידיו של הרב זצ"ל, ועם ישראל בארץ ובתפוצות, הולכים בדרכו ודבקים במורשתו, נמשיך לילך לאור מורשתו הרוחנית, צניעותו, יושרו וניקיון כפיו של מורנו ורבנו הרב זצ"ל". המשפחה הודתה לבורא עולם וכן לעו"ד קוסטליץ ש"עמד מול הרשויות וניהל את העניין בחכמה ובתבונה".
כתב האישום בפרשת הרבנים : מאות מאנשי כוחות הביטחון קיבלו עשרות מיליוני שקלים במרמרה
הרב בקשי-דורון הואשם, על פי כתב האישום, כי ידע על כך שהמכללות שהוקמו בשעתו על מנת להעניק תארי רבנות לאנשי כוחות הביטחון, אינן עומדות בתנאים הנדרשים לכך. באמצעות אותם תארים, קיבלו מאות מאנשי כוחות הביטחון עשרות מיליוני שקלים במרמרה.
התיק נגד הרב בקשי-דורון נסגר כבר בשנת 2007 והודעה בנושא נמסרה לו, אלא שבעקבות עדויות של הרב במשפטיהם של מוערבים אחרים בפרשה, החליטה הפרקליטות לפתוח מחדש את התיק נגדו, לנסח כתב אישום ולהעמידו לדין.
בדצמבר 2012 הגיש הרב הראשי לשעבר, הרב אליהו בקשי דורון, בקשה תקדימית למשפט מהיר, זאת על מנת שיוכל ”לזכות לראות את חפותו ואת שמו מטוהר בשער בת רבים בעודו בחייו המלאים", זאת בשל מצבו הרפואי הרעוע.
בקשתו של הראשון לציון לשעבר הוגשה בעקבות כתב האישום החמור שגיבשה נגדו פרקליטות מחוז ירושלים ב“פרשת הרבנים“. סנגוריו של הרב טוענים כי כתב האישום נגדו, לדעתם, יבוטל כבר בפתח המשפט - לאור העובדה כי הפרקליטות הודיעה לרב בקשי דורון כבר לפני חמש שנים כי אין בכוונתה להעמידו לדין פלילי - ולכן לטענתם מדובר בהפרה חמורה של זכויותיו.
הבקשה הוגשה, לדברי הפרקליטים, כדי לשמר עבורו את האפשרות להיות מעורב בהליך המשפטי בעניינו ולטהר את שמו, כך שאות הקלון שבעצם הגשת האישום נגדו לא תישאר צמודה לשמו, אם לא יוכל להעיד במשפטו בשל מצבו הרפואי.
שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, צבי סגל, אמר בפתיחת התיק מחדש כי ”עד היום קרוב ל-30 שנה, בו עד תביעה מוסר משהו שעלול להפליל אותו והתובע שותק... אם התובע נמנע מלעשות את זה, מסיבה זו או אחרת, בית המשפט יפנה לתובע. אם בית משפט לא פונה, התובע צריך לפנות לבית המשפט". לדבריו, ”אין מצב שעד תביעה מעיד על משהו שהתובע מצפה ממנו שיעיד ומוסר בגדר עדות משהו שעלול להפליל את עצמו והתובע מחריש ובית משפט מחריש. יש תחושת צדק שצריכה לקנן בין כולנו. אדוני לא צריך להתחיל מאולם בית המשפט אלא עוד קודם. לא להתחיל מהטיעון, יש להסביר לעד שיכול לבקש את זה".