פרס ירושלים לאחדות ישראל נוסד כהנצחה וזיכרון-חי לשלושת הנערים. במהלך מבצע "שובו אחים" שנועד לאיתורם, התגלתה רוח האחדות בעם בכל חלקי החברה הישראלית בתעצומות גבוהות ונדירות, ובהובלת משפחות הנערים. פרס ירושלים לאחדות ישראל מבקש להמשיך את אותה רוח האחדות ותחושת הלכידות. לציין כי התחרות לפרס מיועדת למוסדות חינוך מכל רחבי הארץ.
השנה, לראשונה, יוענק הפרס גם בתחום החינוך, למוסדות שתרמו תרומה ממושכת להגברת ההבנה והרגישות ההדדיים בין מגזרים שונים, או למוסדות המקיימים מיזמים חדשניים אשר מקדמים את ערכי האחדות הללו בצורה יוצאת דופן.
העירייה, באמצעות מינהל החינוך ובשיתוף העמותה לזכר שלושת הנערים, יצאה ב"קול קורא" להגשת מועמדות לפרס. ההמלצה פתוחה לציבור שיכול להמליץ על מוסד חינוך ראוי לפרס.
ראש העיר ירושלים, משה ליאון: "פרס ירושלים לאחדות ישראל הינו פרס המסמל את רוח האחדות של העם שלנו, ממנף את החיבורים בין כל חלקי החברה הישראלית והעם היהודי בארץ ובעולם ומעצים את העשייה החברתית. אני מזמין את כולם להמליץ על מוסדות חינוכיים הראויים לפרס זה".