במהלך ישיבת הממשלה בה הוחלט על הטלת הסגר, דרש השר רפי פרץ, לאפשר לישיבות ומכינות להישאר במוסדות הלימוד במודל קפסולות עד למוצאי יום הכיפור, ואז לחזור לביתם. שר הבריאות אדלשטיין תמך והממשלה אישרה זאת.
כעת מתברר כי היועץ המשפטי במשרד הבריאות מתנגד למתווה בטענה כי זו אפליה, ועל התלמידים להישאר במסגרות עד אחרי סוכות או לנסוע עוד השבוע חזרה לביתם. בתגובה לכך שלח היום (ג') השר פרץ מכתב חריף לראש הממשלה ולשר הבריאות ודרש כי ההחלטה שהתקבלה בממשלה צריכה להיות מיושמת.
השר כתב, "הטענה כי ההחלטה מפלה אינה מקובלת כלל וכלל. תלמידי הישיבות והמכינות סגורים בקפסולות, על פי כל ההנחיות, למשך שלושה שבועות רצופים. במוצאי יום הכיפורים יהיו כל התלמידים לאחר "בידוד" מחמיר ביותר, ואין כל חשש בריאותי בחזרתם לביתם".
עוד הוסיף השר, "ההצדקה להחרגתם של בני הישיבות והמכינות, נובעת מכך שהם אכן נמצאים במסגרת חריגה. גם כאשר המשק חזר לפעילות סדירה, וניתן היה לשבת בבתי קפה, להיכנס לחדרי כושר, ולהגיע למקומות העבודה כרגיל, תלמידי הישיבות והמכינות המשיכו להיות במסגרת מחמירה של קפסולות, ולא חזרו לשגרה רגילה כשאר האזרחים. איש לא הלין על כך שמדובר באפלייתם של בני הישיבות. דווקא כעת, פגיעה בתלמידי הישיבות והמכינות, שנמצאים במתווה מחמיר וחריג, בשם טענת אפליה לטובתם, היא מקוממת״.
השר פרץ סיכם ואמר כי "אני מתנגד לכל שינוי בהסדר שהוסכם עליו בממשלה, ואבקשכם להבהיר כי לבני הישיבות והמכינות יתאפשר לשוב לביתם לאחר יום הכיפורים".