ארגון ”תורה אחרי צבא“ יזם הקמת בית מדרש חדש ליוצאי צבא מול עיר דוד בירושלים. בית המדרש - "ההר הטוב" - הוקם על ידי הרב נתי הראל והרב גיא קפרובסקי בעקבות מעקב אחר הצרכים של יוצאי צבא ובניסיון להקל עליהם את "מלחמת החיים", נותן מענה לצעירים שמעוניינים להעמיק את יסודות האמונה ולפתח בניין רוחני של חיים מעשיים מתוך תורה, אמונה, בשילוב עבודה והתיישבות.
במסגרת בית המדרש, לתלמידים מתאפשר לעבוד במשך שעות הבוקר במגוון "עבודות מועדפות" עבור יוצאי צבא בעיר, כדוגמת חפירות בעיר דוד וסביבותיה ומערך האבטחה במזרח העיר, כאשר שעות אחר הצהריים והערב מוקדשים ללימודי קודש, בהם: לימוד גמרא אליבא דהלכתא, בירורי אמונה, הכנה לחיים, בניין הבית ואמונה.
את בית המדרש מלווים מגוון רבנים, ביניהם, הרב יוסי כהן, הרב דעואל בסוק, הרב מיכאל טוביאנו, הרב משה וייס, הרב אלי לבנון ועוד, המהווים דוגמה לשילוב לימוד תורה, עבודה והתיישבות. בנוסף בבית המדרש "ההר הטוב" מעניקים יחס אישי ללומדים, ובנו מערך המאפשר לימוד אישי עם הרמי"ם ולימוד בחבורות קטנות.
הרב אילן ציפורי אומר כי "בית מדרש נוסף הוא עדות לצימאון של בוגרי הצבא יוצאי הציונות הדתית לשלב תורה ועבודה בגדלות".