שר הביטחון אביגדור ליברמן במכתב שנשלח לרב יגאל לוינשטיין מעמיד בפניו שתי אפשרויות: או שתתפטר או שהמכינה לא תוכר כמכינה קדם צבאית. המשמעות כמובן במובן המיידי היא גם תקצוב של המכינה.
במכתב הוא כותב: "לאור העובדה שמדובר בדפוס חוזר ונשנה, ובאמירות ברורות שאתה ללא ספק עומד מאחוריהן, הנני דורש ממך להתפטר מתפקידיך גם במכינה וגם בישיבת ההסדר. במידה ולא תעשה כן, אאלץ להפעיל את סמכותי ולהפסיק את ההכרה של משרד הביטחון בישיבת עלי כישיבת הסדר, ואפעל בכל דרך שנתונה בידי על מנת לבטל את הכרתה של עלי כמכינה קדם צבאית".
ליברמן כותב כי "לגופו של עניין, הדברים שנאמרו על ידך נוגדים באופן מוחלט את ערכי צה"ל ואת ערכיה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית. מאז ומתמיד שירתו נשים בצה"ל, תרמו למערכות ישראל וחלקן אף שילמו על-כך בחייהן".
נזכיר כי לאחר פרסום דבריו של הרב לוינשטיין והתעוררות הסערה הציבורית בנושא, פנה השר ליברמן לשר החינוך נפתלי בנט כדי שיפסיק את התקצוב של משרד החינוך למכינות ונענה בשלילה. "נשקול לדון עם שר הביטחון על סגירת מכינת עלי, לאחר שישלים את חיסול הנייה". נמסר מלשכתו של בנט כרמז על הצהרת ליברמן, עוד כשהיה באופוזיציה, שברגע שיתמנה לתפקיד שר הביטחון יחסל את בכיר חמאס תוך 48 שעות.
בהמשך הודעת לשכת שר החינוך נאמר כי "מכינת עלי הצמיחה מתוכה את גיבורי ישראל רועי קליין ז"ל,אלירז פרץ ז"ל, עמנואל מורנו ז"ל ועוד רבים ומופלאים, והיא כמובן תמשיך את פעולתה כסדרה. מה שדרוש תיקון יתוקן, בוודאי לגבי אמירות אומללות, אך בלי התלהמות מיותרת".
כדוגמא לדבריו מציין ליברמן במכתבו שלוש לוחמות צה"ל שמוכיחות לדבריו את החשיבות בשילוב הבנות: "על מנת להבהיר עד כמה דבריך זועקים לשמיים, אזכיר רק 3 נשים שמהוות דוגמא ומופת לרוח לחימה והקרבה". כאן מביא בקצרה ליברמן את תולדות עשייתן הצבאית של רש"ט הדר כהן ז"ל, ששירתה במשמר הגבול ונפלה בשנת 2016 בהיתקלות עם מחבלים בשער שכם בירושלים. רב-סמל במיל' קרן טנדלר ז"ל שירתה בחיל האויר כמכונאית מוטסת שנהרגה בדרום לבנון ואת סרן תמר אריאל ז"ל, הנווטת הדתייה הראשונה בצבא, בוגרת האולפנה באבן שמואל ומדריכה בבני עקיבא ובמשואות יצחק.
ליברמן מוסיף גם זוית אישית ומספר על ביתו שומרת המצוות ששרתה בצבא: "בנימה אישית אני חייב לאמר שדבריך פגעו בי לא רק כשר הביטחון המעריך ומוקיר את הנשים המשרתות בצבא ואת אלו שהקריבו את חייהן במלחמות ישראל, אלא גם כאב גאה שבתו הדתייה שירתה בצה"ל והדבר לא פגע לא באמונתה הדתית או ביהדותה ולא בנשיותה".
שר הביטחון כתב לרב לוינשטיין כי עליו להתנצל: "כבוד הרב, הנני סבור שמעבר להתנצלות פומבית, ראוי היה שכמנהיג ורב בישראל תתייצב באופן אישי בפני אותם הורים שכולים שאיבדו את היקר להם מכל ותתנצל בפניהם על הדברים שהשמעת, ובמיוחד על הזלזול שהשתמע מהם והטלת הספק ביהדותן.
מכינת עלי היא גוף מפואר שלבוגריה יש זכויות רבות בצה"ל ובהגנה על מדינת ישראל. דווקא בשל כך הדברים שאמרת והערכים שאתה מייצג כעת, אינם יכולים להוות בסיס לחינוכם של תלמידי הישיבה והמכינה הזו".