מספר תלמודי התורה הציוניים הכפיל עצמו בעשור האחרון, כך חושף מחקר חדש של תנועת נאמני תורה ועבודה. במיפוי שערכה התנועה בתחילת שנת הלימודים תשע"ד נמצאו 56 מסגרות של תלמודי תורה ציוניים לבנים, בהן לומדים כ-8,500-10,000 תלמידי יסודי. במסגרות אלו לומדים הבנים במוסד או בכיתות נפרדות מכיתות הבנות, יש תגבור של לימודי הקודש - פעמים רבות על חשבון לימודי החול - ולימודי הקודש נלמדים לרוב בשיטות לימוד המעדיפות את השינון והבקיאות על פני פיתוח החשיבה וההעמקה (שיטות "זילברמן" ו"ברקאי").
לפי המחקר, מסגרות התלמוד התורה הציוניים התרחבו גיאוגרפית בעשור האחרון וכיום ניתן למצוא תלמודי תורה ציוניים רבים בכל רחבי הארץ ולא רק בירושלים וביש"ע כבעבר. לגרעינים התורניים תפקיד מרכזי בהתרחבות הגיאוגרפית של תלמודי התורה הציוניים, כאשר רבים מהמוסדות שהוקמו מחוץ לירושלים ויהודה ושומרון נוסדו על ידי חברי גרעינים תורניים שהתיישבו במקום (למשל: רמת גן, נצרת עילית, אילת).
במשך שנים ארוכות מרבית תלמודי התורה הציוניים השתייכו לחינוך המוכר שאינו רשמי ולמוסדות הפטור החרדיים ולא פעלו תחת פיקוח החינוך הממלכתי דתי. ממצאי המחקר מלמדים שכיום המציאות שונה לחלוטין כאשר קרוב לשני שליש מתלמודי התורה הציוניים פועלים בתוך החינוך הממלכתי-דתי הרשמי. ממצאים אלו תואמים את המדיניות העקרונית של מנהל החינוך הממלכתי דתי המכוונת להכנסתם של מסגרות התלמוד תורה הציוניים תחת קורת הגג של הפיקוח הממלכתי דתי. עם זאת, חשוב לציין שהסיבה המרכזית לכך שכיום רוב תלמודי התורה הציוניים כפופים למנהל החינוך הממלכתי דתי היא לא כניסה מאסיבית של תלמודי תורה ציוניים מהחינוך המוכר שאינו רשמי אל החינוך הממלכתי דתי, אלא תהליך במסגרתו בשנים האחרונות יותר ויותר בתי ספר ממלכתיים דתיים יסודיים הפכו עצמם (או הוקמו מלכתחילה) כתלמודי תורה ציוניים.
"ממצאי המחקר מבהירים מעבר לכל ספק כי תלמודי התורה הציוניים כבר אינם תופעה שולית בציונות הדתית", אומר אייל ברגר, עורך המחקר. "בשנים האחרונות מוקמים יותר ויותר תלמודי התורה ציוניים תחת קורת הגג של החינוך הממלכתי דתי, אך נראה שטרם נערך דיון מעמיק בציונות הדתית בנוגע להשלכות של המהפך החינוכי המתרחש לנגד עינינו, במסגרתו בתי ספר יסודיים בחינוך הממלכתי דתי מפרים את האיזון העדין שהיה נחלתו של החינוך הממלכתי דתי במשך שנים בין חינוך לתורה ולמצוות - ובין חינוך להשכלה כללית, לסקרנות אינטלקטואלית ולהשתלבות בכל תחומי החיים".
שמואל שטח, מנכ"ל נאמני תורה ועבודה, הוסיף כי "הבעייתיות הטמונה לדעתנו בהתעצמות תופעת תלמודי התורה נעוצה באופן בו נתפשת התורה עצמה כמנותקת מחיי המעשה. יתרה מכך, לימוד התורה במוסדות אלו מבוסס בחלקו הגדול על שיטות שינון המביאות את התלמיד לרמת בקיאות רבה, אך הן באות על חשבון הבנת עומקה של תורה. העושר והעומק התורני הקיים היום בתורות הלימוד המקובלות בעולם הישיבות הציונות, התאפשר ברובו בגלל חינוך שהתמקד ביכולת הניתוח וההבנה ולא בגלל שיטות שינון המצמצמות את רוחב העולם התורני".