מזה מאות שונים נהוג במסורת היהודית להעביר כספים ומצרכי מזון לעניים כחלק ממנהג קמחא דפסחא. מאז הקמת המדינה הצטרפו המועצות הדתיות למסורת זו ורבות מהן מחלקות כספים עבור 'קמחא דפסחא' בהיקף כולל של מיליוני שקלים. כמו כן, מעבירות המועצות הדתיות כספים כספי תמיכות לגופים ועמותות העוסקים בשירותי דת גם כן בהיקף של מילוני שקלים בשנה.
מחקר חדש של המכון לאסטרטגיה ציונית חושף ממצאים מדאיגים באשר לאופן חלוקת הכספים הללו על ידי המועצות הדתיות.
המחקר, שנערך על ידי אריאל פינקלשטיין, בחן עשרות דוחות ביקורת של משרד מבקר המדינה ושל מבקרי הרשויות המקומיות על המועצות הדתיות בשני העשורים האחרונים והצביע על בעיות מערכתיות חוזרות ונשנות במתן 'קמחא דפסחא' ותמיכות. המחקר מצא כי רוב מוחלט של דוחות הביקורת הראה שחלוקת כספי 'קמחא דפסחא' ותמיכות על ידי המועצות הדתיות נעשית ללא כל קריטריונים, בניגוד להנחיות הברורות של חוזרי מנכ"ל המשרד לשירותי דת. הדבר מביא לכך שבמקרים רבים כספי קמחא דפסחא ניתנים מבלי להיוועץ בגורמי הרווחה וכך אינם מגיעים בהכרח לנזקקים. בדומה לכך, כספי תמיכות מועברים לגופים שאינם בתחום שירותי הדת, בניגוד לנהלים. בנוסף על כך נמצאו בעיות רבות של מינהל תקין בחלוקת הכספים: חוסר פיקוח על השימוש בתמיכות, מתן תמיכות עבור ביצוע שירותים ומתן תמיכות בזמן שהמועצה הדתית מצויה בגירעון.
בחלק מהדוחות נמתחה ביקורת על כך שכספי 'קמחא דפסחא' חולקו באופן אישי על ידי גורמים פוליטיים ובמספר מקרים אף הועלו חשדות קונקרטיים לעבירות על טוהר המידות ולמעשי שחיתות במתן קמחא דפסחא ותמיכות:
כך למשל, דוח על המועצה הדתית קדימה צורן משנת 2013 הראה כי המועצה הדתית העבירה כספי תמיכות לעמותה בראשה עומד יו"ר המועצה הדתית ושחברי העמותה מורכבים מחברי המועצה הדתית. בדומה לכך, פסק דין של בית המשפט המחוזי בחיפה מיוני 2014 מלמד על כך שבשנים 2013-2009 העבירה המועצה הדתית זכרון יעקב כ-300,000 שקלים לחלוקת קמחא דפסחא לעמותה שבראשה עמד יו"ר המועצה הדתית ושהמזכיר שלה הוא מנהל מחלקת הנישואין במועצה הדתית. לאור זאת, הורה בית המשפט לעמותה להחזיר את הכספים שניתנו שלא כדין. דוח מבקר המדינה הראה כי כספי קמחא דפסחא שישמו בעבר לחיזוק כוחן הפוליטי של מפלגות שנציגיהם עמדו בראשות המועצה הדתית, ובית המשפט המחוזי טען כי ייתכן שכך גם נעשה בזכרון יעקב.
עורך המחקר, אריאל פינקלשטיין, טוען כי "על אף שמבקר המדינה מתח ביקורת נוקבת על פעילות המועצות הדתיות בתחום 'קמחא דפסחא' ותמיכות בסדרת דוחות מסוף שנות התשעים, בפועל המועצות הדתיות ממשיכות להפעיל את התחומים הללו ללא קריטריונים ובצורה בעייתית ביותר. נראה גם שיש צורך לבחון האם ראוי שמועצה דתית תעביר כספים לנזקקים במסגרת קמחא דפסחא, כאשר אין לה את הידע והמומחיות בתחום הרווחה, וכלל לא ברור האם הדבר מצוי בקטגוריה של שירותי דת".
מירי שלם, מנכ"לית המכון לאסטרטגיה ציונית, מוסיפה כי "המחקר מלמד על צורת הניהול הבעייתית הקיימת במועצות הדתיות, ולצערנו נראה שהדבר אינו מצטמצם לתחומי התמיכות אלא בא לידי ביטוי גם בשירותים אחרים שמספקות המעוצות הדתיות. שירותי הדת בישראל מצויים הרחק מאחור וללא שינוי משמעותי מלמעלה, קשה לראות כיצד מצב הדברים ישתנה בקרוב"