מבקר המדינה, השופט (בדימוס) יוסף שפירא יבדוק את הטענות לאפליה תקציבית, בניגוד לחוק, בין ישיבות חרדיות לציוניות. בכך נענה המבקר לפניית יו"ר הוועדה לביקורת המדינה, ח"כ אמנון כהן (ש"ס) בדיון היום (שלישי) בכנסת. כהן הוסיף כי "הקיצוץ הניכר בתקציבי הישיבות והאפליה התקציבית בין ישיבות לישיבות - מהווים פגיעה אנושה בעולם התורה. תפרו קריטריונים כדי שיתאימו לפלח אוכלוסייה מסוים, ואילו כשאנחנו היינו באופוזיציה דאגנו גם לישיבות של הציונות הדתית. נעמוד על קוצו של יוד, שלא יתפרו חליפה תקציבית בכפל תמיכות, ונשקול הפסקת כל התמיכות, עד שיבדקו התבחינים כולם". כהן הוסיף מזיכרונותיו כילד באוזבקיסטן, כשהשלטון הסובייטי מנע לימוד תורה "ולמדנו במחתרת. לא היה ילד יהודי שלא למד תורה ולא הייתה התבוללות".
ח"כ משה גפני (יהדות התורה) יוזם הדיון ציין כי "איננו נגד הישיבות הציוניות, ובימי כיו"ר ועדת הכספים לא עלה בדעתי לעכב תקציבים לישיבות אלו, וגם הייתי בין העוזרים ביותר לישובים ביהודה ושומרון. גם המוסדות הציוניים יינזקו - ובתהליך מהיר הגלגל יתהפך. הברית בין יש עתיד לבית היהודי נותנת מכה אנושה שלא היה כמוה לעולם התורה". לדבריו, בניגוד לחוק ולנהלים קובעים תבחינים כדי שתלמיד ישיבה ציונית יקבל פי שבע מתלמיד ישיבה חרדית, והמרכיב של "עידוד גיוס" איננו רלוונטי ללימוד תורה. "אין זה קיים בשום מוסד חינוכי אחר או בכל תחום אחר. אפילו במדרשות לבנות הגדילו את התקציב למרות שם לא מתגייסות, לומדות פחות שעות מהגברים, ואינן מעודדות גיוס". גפני הוסיף וטען כי העברת התקציב התבצעה ללא אישור ועדת הכספים, בניגוד לחוק.
ח"כ איילת שקד (הבית היהודי) השיבה לגפני וטענה כי הממשלה החליטה לעודד גיוס ולכן יגדל התקציב למוסדות כאלו. לדבריה, 52 מיליוני שקלים הוקצבו לישיבות חרדיות, ורק 13 מיליון שקלים לישיבות הציוניות, כיוון שישיבות אלו מהוות רק 5% מכלל הישיבות. חברתה לסיעה אורית סטרוק הוסיפה כי במשך 10 שנים הייתה אשת-אברך, ו"חיינו בעניות גדולה, רק כדי שבעלי ילמד תורה. כל התקציב של הישיבות מעודדות-הגיוס הוא 5% בלבד מכלל תקציב הישיבות, ומהאחוזים הבודדים הללו לא ייבנו 95% האחרים. גם הערך של שירות צבאי הוא חשוב, והגיוס איננו "גזירה" כי אין מדובר בצבא הצאר".
עו"ד חנן ארליך, נציג משרד המשפטים, אמר כי "אנו בודקים מתי שוני רלוונטי בקבוצת מוסדות, מצדיק תבחין אחר לגמרי. מבחני התמיכה יכולים להכיל לא רק שוויון-עיוור אלא גם מדיניות בצורה זהירה. נושא התמיכה באותן המוסדות הוא אכן לימוד תורה, אך נוסף רכיב של 'עידוד הגיוס', וצפויים עוד תיקונים במבחני התמיכה על פי מדיניות זו. ארליך ציין כי לצורך הגדרת הישיבה כ"מעודדת גיוס", הופחת את אחוז המתגייסים הנדרש מ60%- בשלוש השנים האחרונות, ל-15% מתגייסים. הוא הדגיש כי "התבחינים פורסמו להערות הציבור, כמתחייב, ועל פי ההערות שונו כמה נקודות. אין מדובר בכפל תמיכות אלא באיגום תקציבים מכמה משרדי ממשלה".