כמעט שנתיים לאחר פרישתו של עודד וינר מתפקידו כמנכ"ל הרבנות הראשית, ושנה לאחר הבחירות לכנסת וכניסתו של שר הדתות דוד אזולאי למשרד לשירותי דת, סוף סוף ימונה מנכ"ל לרבנות הראשית. מדובר בסמנכ"ל המשרד לשירותי דת משה שיתמנה לתפקיד מנכ"ל הרבנות הראשית.
קודם לתפקידו הנוכחי, שימש המנכ"ל החדש כמנהל תפעול בחטיבת שירות הלקוחות ברשות המיסים. וטיפל במשרד לשירותי דת בתחומי הרבנות ונישואין, אגף הקבורה, מבני דת, שירותי דת לעדה האתיופית וכשרות. במסגרת תפקידו היה אחראי דגן על עבודת המטה ברמת המדיניות והביצוע במכלול הנושאים הקשורים לאספקת שירותי דת לאזרחיה היהודיים של מדינת ישראל.
כבר לפני כחצי שנה הוקמה ועדת איתור לתפקיד המנכ"ל. שהורכבה ממנכ"ל המשרד לשירותי דת, עו"ד עודד פלוס, נציב שירות המדינה, משה דיין, או נציג מטעמו, נציג ציבור שיימנה הרב הראשי לישראל הרב דוד לאו, נציג ציבור שיימנה מנכ"ל המשרד לשירותי דת בהתייעצות עם הרב הראשי ונציג ציבור שיימנה נציב שירות המדינה בהתייעצות עם המנכ"ל והרבנים הראשיים ביחד.
מינויו של דגן הגיע לאחר מחלוקות קשות וקושי להגיע להסכמה על מועמד שמקובל על שני הרבנים הראשיים ומינוי של דגן שמזוהה כאיש ש"ס הוא פשרה בין השניים.
כאמור, בחודש מאי 2014 סיים המנכ"ל הקבוע הקודם של הרבנות הראשית, עודד וינר, את תפקידו, ומאז לא מונה מנכ"ל קבוע לתפקיד בעקבות חילוקי דעות בין הרבנים הראשיים והמשרד לשירותי דת. בתפקיד שימש מנכ"ל המשרד לשירותי דת דאז אלחנן גלט, ומאז הבחירות הכלליות לכנסת משמש בתפקיד מנכ"ל המשרד לשירותי דת עו"ד עודד פלוס.
במשרד לשירותי דת אישרו את דבר המינוי.