צה''ל ומשרד הביטחון יפנו מההר את בתי התושבים ואת התשתיות. כבר בצהריים הגיעו עשרות משאיות לעמונה שיפנו את הציוד של המשפחות וירוקנו את הבתים, על מנת לאפשר את פינויים. כלל תושבי עמונה פונו לחדרי המדרשה ביישוב עופרה הצמוד לעמונה. מלבד התושבים, למעלה מ-1,000 בני אדם שהגיעו למחות על הפינוי הורחקו מעמונה על ידי כוחות הביטחון.
ראש מטה המאבק של היישוב עמונה, אביחי בוארון, התייחס הערב (חמישי) בגלי צה"ל לאלימות נגד כוחות הביטחון בבית הכנסת בעמונה, ולכתובות הנאצה שנמצאו על קירות בית הכנסת: "היה שם מיעוט אחר שלקח לנו זמן לשכנע אותו שיאפשר לנו להיכנס. מי שעצור בידי המשטרה הם כנראה אותם אנשים, צעירים, שאינם מבינים מה הם עושים ושלא מבינים איפה הם חיים", אמר בוארון בראיון לגלי צה''ל. כמובן שחלקנו לא שם וזה לא איתנו ואין לנו קשר לדבר".
מבחינת המשטרה, סיכם המפכ"ל רוני אלשייך: ״משטרת ישראל נערכה באופן מסודר מבעוד מועד, במדרג יכולות זמין, על מנת לאפשר פינוי שקט ומכובד ולהימנע ככל האפשר מפגיעה במפונים, או בכוחות הביטחון. השוטרים הונחו ותורגלו לפעול ברגישות ובסובלנות, תוך איפוק מקסימלי מול תושבי המקום, מתוך התחשבות ברגשות הכאב של התושבים, ומתוך ההבנה כי מדובר במשימה רגשית מורכבת מאד.
משטרת ישראל היתה ערה, לגורמים אחרים, שהגיעו לישוב ולא היו בשליטה כלשהי של הנהגה ציבורית ו/או חינוכית מכל סוג ולכן נערכה לאופציה בה תידרש להתמודד עימם.
כנגד כל גילויי האלימות, בוודאי זו הקיצונית, משטרת ישראל תפעל למצות את הדין כנגד פורעי החוק, כפי שהיא נוהגת דרך קבע ועל סמך כלל הראיות שנצברו על ידה במהלך המבצע״.