חברות הכנסת זהבה גלאון, מיכל רוזין ותמר זנדברג (מרצ) עתרו לבג"ץ בדרישה למנוע את מינוי אייל קרים לרב הצבאי הראשי. "דבריו המקוממים של מי שתפקידו 'לאחד את השורות' בקרב החיילים הלוחמים זה לצד זה אינם מאפשרים למנותו לתפקיד", אמרו חברות הכנסת.
בעתירה נכתב בין השאר כי:"מאמירותיו של הרב קרים, עולה שנאת נשים יוקדת וחמורה, הומופוביה וחוסר סובלנות משווע כלפי הקהילה הלהט"בית, ושנאת זרים וגזענות אשר אין להן מקום בחברה הישראלית ובצה"ל בפרט. המדובר בתפקיד חשוב, בכיר ורגיש הנושא אופי ציבורי משמעותי ומרחיק לכת".
חברות הכנסת התייחסו בביטול להסברים וההבהרות של הרב קרים במכתב הפומבי שהפיץ לאחר הפגישה עם הרמטכ"ל: "למען ההגינות יצוין, כי על פי הודעתו הרשמית, ניסה הרב קרים להסביר את דבריו, אך מוטב היה אילולא היה אומר דבר, שכן בדבריו אין ולו שמץ של התנצלות וחזרה מדבריו הקשים".
לפני כשבועיים אחרי הסערה הודיע הרמטכ"ל בהודעה שהוציא כי "אל"מ קרים הבהיר במהלך השיחה את כל הסוגיות שעלו בימים האחרונים וכן סוגיות נוספות, והבהיר מעל לכל ספק כי הוא וכל חיילי צה"ל כפופים באופן מלא לפקודות הצבא ולרוח צה"ל. הרב התחייב כי הוא באופן אישי והרבנות בראשותו יכבדו כל אדם באשר הוא אדם ללא הבדלי דת, גזע והעדפה מינית, וכי הוא רואה בצה"ל את צבא העם הקולט לתוכו את כל המתגייסים והמתגייסות באשר הם. הרמטכ"ל דן עם אל"מ קרים על תפקידי הרבנות הראשית והאופן שבו הוא רואה את הרבנות תחת פיקודו, והתרשם כי הרב רואה עמו עין בעין סוגיות אלו".
הרמטכ"ל ציין כי הוא מסתייג ואינו מסכים לניסוח שעלה מהדברים שפורסמו, וכי דברים אלו אינם עולים בקנה אחד עם ערכי צה"ל. הרב קרים, נמסר בהודעה, אמר בשיחה: "גם במרחק הזמן, אם חייל או חיילת נפגעו, אני מביע על כך צער עמוק".