בניגוד להחלטת ועדת החוץ והביטחון, פעל השבת כוח צה"ל כדי לפנות אזרחים מהיישוב חומש - כך מסרו המתיישבים לכיפה. לאחר מספר חודשים בהם נמנע צה"ל מלפנות אזורים אלו בשבת, הופתעו המתיישבים לגלות ג'יפים צבאיים סורקים את הרחובות, בחיפושים אחר אזרחים.
המתיישבים מציינים כי זמן לא רב לפני כניסת השבת, החלו חיילים מגדוד "קדם" של פיקוד העורף לסרוק את הרחובות בישוב חומש. לאחר כניסת השבת עלו ג'יפים של גדוד "קדם" ומשטרה והחלו בחיפוש אחר האזרחים ששהו במקום, חיפושים שנמשכו גם לאחר כניסת השבת. שלושה מהאזרחים, פעילי ארגון "חומש תחילה", נתפסו לאחר כניסת השבת והועלו בכפייה על הרכבים והורדו מחומש לאחר כניסת השבת.
האזרחים הוסעו בכלי רכב צבאי לאחר השקיעה והגיעו אל הישוב שבי שומרון בשעה 20:00 בערך - בעיצומו של ליל שבת. האזרחים שוחררו לאחר שהזדהו קרוב לשעה 20:45, לאחר שרב הישוב וראש ישיבת שבי שומרון, הרב יהושע שמידט הגיע למקום ועימו אנשי ציבור מהישוב.
המתיישבים מציינים כי הפינוי בליל השבת נעשה בניגוד להחלטות ועדת המשנה לענייני איו"ש של ועדת החוץ והבטחון בכנסת. לדבריהם מדובר בהפרת הסיכום עם משרד הביטחון וצה"ל כי בהתאם לחוק, לא יתקיימו פינויים בשבתות.
בועד מתיישבי השומרון גינו בחריפות את הפינוי ואת עיתוי. "כאזרחים במדינת ישראל, אנו מתביישים במי ששולח חיילים שהתגייסו כדי להגן על המדינה ועם ישראל, להלחם ביהודים אזרחי המדינה במקום באויב", ציינו בועד. עוד נטען כי "תוספת חטא על פשע היא כפיית החיילים לעלות לחומש דווקא ס מוך לכניסת השבת במטרה שקופה להציק לאזרחים היהודים השוהים בחומש כבר למעלה משלוש שנים וחצי - דווקא בשבת, מתוך ידיעה שרובם שומרי שבת".
יו"ר ועדת המשנה לענייני איו"ש ויו"ר הקואליציה, ח"כ זאב אלקין, אמר כי הוא "רואה בחומרה רבה את חילול השבת שנגרם ע"י כוחות צה"ל ללא שום הצדקה לכך. מדובר בהפרה של הסיכום המפורש בועדת חוץ ובטחון. בעקבות הדיון שקיימה ועדת המשנה לענייני איו"ש של ועדת החוץ והבטחון בהשתתפות קצינים בכירים הובטח שצה"ל יימנע מחילולי שבת שלא לצורך, ואכן לאורך תקופה ארוכה ללא היו פינויים בכניסת שבת וחילולי שבת בחומש".
אלקין ציין כי "כנראה שמישהו שוב החליט על דעת עצמו שמאבק במתיישבים נמצא בין המטרות העיקריות של צבא ההגנה לישראל - גם במחיר של חילול שבת. הנושא יידון בועדה - נעשה מה שצריך על מנת למנוע חילולי שבת ובמיוחד להבהיר כי תפקידו של צה"ל הוא לשמור על אזרחי ישראל ולא להאבק בהם".