המכללה האקדמית צפת פותחת בקרוב בית מדרש לבנים ומדרשה לבנות, בשילוב לימודים אקדמיים. בכך, למעשה, נפתחת לראשונה תוכנית לימודים תורנית לבית מדרש ומדרשה המשלבת לימודים תורניים ואקדמיה. בראש בית המדרש החדש יעמוד הרב בניהו ברונר, המשמש עד כה כראש הכולל הציוני בצפת. סגל בית המדרש ישולב בכוחות הוראה נוספים, בעיקר מאזור הצפון.
בית המדרש החדש יעסוק בתחומים של לימוד ישיבתי בשעורים לציבור הסטודנטים ולציבור הרחב בתחומים תורניים שונים כמקרא, תלמוד, הלכה, מחשבת ישראל ועוד, בשילוב לימודים אקדמיים לתואר אקדמי מלא. במקביל לבית המדרש לבנים, תפתח המכללה מדרשה לבנות, שלא תעסוק בלימודי תלמוד אלא בלימודי הלכה. הלימודים במדרשה יתנהלו בנושאים תורניים שונים, לצד לימודים לתואר ראשון.
הלימודים בבית המדרש החדש יתקיימו במתכונת לימודים נפרדת: כיתות לימוד לבנים מחד ולבנות מאידך, בתוכנית לימודים מותאמת לכל אחד מהם. בית המדרש מבוסס על תוכנית הלימודים של המכללה האקדמית, שתעניק תארים ראשונים בחוגים הנלמדים במכללה - במקביל לבית המדרש.
"ייחודו של לימוד התורה בהשוואה ללימודים אחרים, בא לידי ביטוי בכך שהלימוד מעצב את אישיותו של הלומד, בית מדרש בו לומדים לימוד עצמי ב"חברותא" מהווה ערך מוסף משמעותי על שמיעת הרצאות", אומר לכיפה הרב ברונר. לדבריו, "הלומד חווה את הקשר לתורה בצורה ישירה. בית המדרש לבנים והמדרשה לבנות יהוו מוקד של שאיבת תעצומות נפש, וישתלבו היטב באווירה הרוחנית של צפת".