הסקר, לפיו רוב בציונות הדתית, סובר כי יש יד מכוונת בצה"ל נגד דתיים, ממשיך לעורר סערה ומחלוקת בתוך המגזר הסרוג. עדות לכך ניתן למצוא בעימות בין יו"ר ננאמני תורה ועבודה, ד"ר חנן מנדל לבין הרב עמיחי אליהו, מיוזמי 'צו אחד', שהתקיים בגל"צ.
לפני שעלו השניים לשידור, שוחחה טלי ליפקין שחק עם עורך הסקר, ד"ר עידו ליברמן, ממכון מסקר. ד"ר ליברמן אמר שהסקר מייצג את כלל הציונות הדתית מהזרם התורני ועד לזה הליברלי. בנוסף אמר ד"ר ליברמן כי הסקר לא הוזמן ע"י אף גורם אלא נערך ביוזמתו האישית בלבד.
בפתח העימות, טען ד"ר מנדל לגבי התחושות של הציבור הדתי לגבי הצבא, נובעות "כתוצאה ממהלך. המהלך מתרחש בעיקר בכלי התקשורת המגזריים והוא מובל ע"י גורמים קיצוניים בציונות הדתית שרוצים באופן שיטתי להגביר באופן את השנאה ואת הניכור שיש בין הציבור הדתי לבין מוסדות המדינה וזה נעשה באמצעות הגזמה של כל מיני ליקויים שקורים מידי פעם". בהמשך הוסיך ד"ר מנדל כי "מותר לבקר אבל, המהלך הזה מצד גורמים קיצוניים נוגע לא רק לצבא אלא חולש על תחומים נוספים בחברה והוא נועד להפריד את הדתיים מהמדינה"
הרב עמיחי אליהו הגיב לדברים ואמר: "אני לא מבין את הגישה הילדותית של נאמני תורה ועבודה. הקמנו קו שמטפל בבעיות. הצבא חטף ביקורת גם אחרי יום כיפור והוא שרד. אנחנו לא אשמים בבעיות הכשרות בצבא ובכל שאר הבעיות שצצו בחודשים האחרונים". לטענתו של הרב אליהו, "יש פה תופעה בשנים האחרונות ויש גורמי שמאל רדיקלי שתורמים למלחמה בציבור הדתי".
מאוחר יותר כתב הרב אליהו בדף הפייסבוק שלו על העימות: "האמת שאני נסער. כל יום אני נחשף להדרת דתיים שמתמשכת ואף מחריפה. אני נחשף לפגיעה חריפה בציבור מסורתי רחב מאוד". כתב הרב ותהה מדוע "ליו"ר נאמני תורה ועבודה העובדות לא מפריעות, והוא בחר להשמיץ אותי, ולטעון שאנחנו ממציאים סיפורים. הוא לא בוחל בהפצת שקרים עלי ועל חברי עמותת צו אחד. במקום לסייע לנו לטפל ולפתור את הבעיות, הוא נלחם במי שכן מטפל ומנסה לפתור. אני לא מצליח להבין מה האינטרס של הגוף הזה "נאמני תורה ועבודה" שחי וניזון מביקורת על הממסד הדתי, להלחם בביקורת מוצדקת על הדרת דתיים".
בהמשך מנה הרב אליהו מספר נתונים שלדעתו מוכיחים את טענתו כמו, בעיות הכשרות בצבא, העלאת גיל המג"דים, הוצאת תודעה יהודית מהרבנות לאכ"א ועוד. בסיום הפוסט כתב: "ורק עוד משפט אחד: מבקשים ממני לחשוף מי התורמים של "המחתרת נגד הצבא", אז אני חייב להודות ולחשוף את התורם הגדול ביותר שלנו, מר צוקרברג שהואיל לאפשר לנו לפתוח דף פייסבוק... את העוגיות ואת השתיה הקלה מ"רמי לוי" תרמו גורמים אנונימיים שמסרבים בכל תוקף להזדהות. כארגון הנהנה מתרומות של גופים אנטישמים ומדינות אויב, הייתי במקומכם מנסה לקבור את עצמי באדמה ולא להעלות את הנושא הזה לסדר היום. או לחלופין בימי הרחמים והסליחות לעשות תשובה, להיות הוגנים ולהלחם מלחמה צודקת נגד הדרת הציבור המסורתי והדתי מצה"ל".
ב'נאמני תורה ועבודה' הגיבו גם הם לעימות ולפוסט וכתבו כי "במדינה דמוקרטית יש מקום חשוב לביקורת על גופים צבאיים אך היא אינה יכולה להיעשות באמצעות השחרה ודה-לגיטימציה כלפי הצבא, כאילו שאנו בתקופת שמד. בפועל, ככל מערכת גדולה, היו ויהיו בעיות הקשורות לענייני דת, אך לשם כך יש מספר מנגנונים לשם כך, כמו הרבנות הצבאית, נציב קבילות החיילים וגם היוהל"ם אשר עוסקת בנושאים מגדריים. במקום לסייע בתיקון בעיות מקומיות הרב עמיחי אליהו וחבריו מנסים להעצים אותן ולהביא לפירוד בין הציבור הדתי לבין צה"ל ומוסדות המדינה. פעולות אלו פוגעות בראש ובראשונה בחיילים הדתיים, ויוצרות פרנויה במקום חיזוק".