אמש (ד') שלח שר הביטחון אביגדור ליברמן מכתב לרב יגאל לוינשטיין, בו הציב לו אולטימטום- או שיתפטר מתפקידו כראש המכינה בעלי, או שמשרד הביטחון יסגור את ברז התקציב של המוסד הותיק. רבים בזרם החרד"לי-שמרני יצאו נגד האיום, אליהם הצטרף גם אחד הרבנים הליברלים שבציונות הדתית, הרב ד"ר בני לאו.
רב קהילן הרמב"ן בירושלים יצא בביקורת חריפה על דברי ליברמן, שכתב בדף הפייסבוק שלו: "שר הביטחון ליברמן טועה. זה לא הצליח אף פעם במלחמת הורדת ידיים. אל מול האיום שלו יתבצר כל מי שמכיר באיכות המכינה בעלי ויקיים בעצמו את הדין של "לא יכרע ולא ישתחווה". לדבריו מדובר בלא פחות מ-"שמן למדורה של מלחמה רעה וקיטוב מסוכן בין חלקים בתוך תוכה של החברה בישראל. המכינה אינה האויב של ליברמן ולא של מדינת ישראל. הם חתני פרס ישראל, בכוח הזכות רבת השנים של העמדת דור של לוחמים צרובים באהבת העם והארץ".
הרב לאו סבור כי במלחמת דעות ותרבות, אסור לשבור את הכלים ולדחוק את היריב לקצה, "ההתנצלות של הרב לוינשטיין על הסגנון מחייבת עבודה עמוקה בתוך המכינה. זה לא ייעשה על ידי שבירת כלים אלא על ידי בנייתם. אין טעות גדולה מזו הדוחפת את אנשי עלי לקצה של הלעומתיות. הם צריכים להיות אנשי היחד ולא הלבד".
לסיום מסמן הרב את מי שלדעתו עשוי להוביל לאיחוי הקרעים שנוצרו, "במקום להושיט לרב אלי סדן יד לעזרה לביצוע עבודת תיקון עם הצבא ועם החברה מבקש שר הבטחון להושיט לו חרב שתינעץ ותבתר את הגוף שלנו. זה מסוכן".