לאחר תחקיר צה"ל שקבע כי בן יוסף לבנת ז"ל נרצח לפני למעלה מחודש על ידי שוטרים פלסטיניים, בעת ששב מביקור בקבר יוסף ולמרות שלא סיכן את השוטרים, קובע הרב יוסף כי האחריות מוטלת גם על המסתננים אל מתחם הקבר.
"אסור בשום פנים ואופן להיכנס לקבר יוסף שבשכם ללא תיאום עם צה"ל. מי שנכנס ללא תיאום דינו כמתאבד לכל דבר", קובע הרב יוסף, אשר במקביל קרא לצה"ל ולממשלה להחזיר את השליטה הצבאית המלאה על מתחם הקבר.
הרב יוסף אף ביקר בחריפות את התנהלותם של חלק מהמתיישבים, אשר רק השבוע הסתננו פעם נוספת אל מתחם הקבר. "עדיין לא נהייתם פוסקי הלכה ואינכם יכולים לפסוק בדיני נפשות ולהתיר לעצמכם ללכת לשכם אלא בתיאום עם הצבא וכוחות הביטחון", אמר הרב יוסף, שציין כי לדעתו מצוות יישוב הארץ נוגעת למגורים בה ולא לנסיעה מחוץ לגבולות - וכי אסור להיהרג או להסתכן בשל ביקור בקבר יוסף.
בכך מצטרף הרב יוסף לדבריו של הרב אליקים לבנון, הרב האזורי לשומרון, אשר כבר גינה לפני למעלה מחודש את רבני הציבור שהורו לתלמידיהם להגיע למתחם קבר יוסף באופן עצמאי וללא תיאום מלא עם צה"ל. הרב לבנון קבע כי הרבנים שמורים לתלמידיהם להיכנס למתחם הקבר ללא אישור, עוברים על איסור פיקוח נפש, באופן מובהק. "הם אינם מתגוררים באזור שלנו ואינם מכירים את המצב האמיתי בשכם. העיר מלאה בנחשים ועקרבים, אין לנו שליטה על מה שקורה שם", אמר הרב לבנון.
"רבנים ואדמו"רים שיורו לחסידיהם להיכנס לשכם עוברים על מה שכתוב בדברי חכמים", הוסיף הרב לבנון, שקרא לרבנים ולאדמו"רים שלא לשלוח את התלמידים לקבר יוסף בשכם ללא תיאום עם צה"ל.