הרב חיים נבון תוקף את התנהלות החרד"ל בסוגיית הקרן לידידות וביקור האפיפיור במילים חריפות ומאשים כי מדובר בהתנהלות שמזכירה כת. "הקמפיין האגרסיבי וההיסטרי נגד האפיפיור והקרן לידידות מתנהל כאילו אנחנו חיים בברלין או בוורשה במאה ה-19, ולא בישראל במאה ה-21. ההתגייסות הנלהבת של סרוגים רבים לקמפיין הזה מדיפה ניחוח של כת מסתגרת, ולא של אומה".
את הקמפיין כנגד האפיפיור והקרן לידידות מגדיר הרב כ'מסע מגן דוד' כפרפרזה על מסעות הצלב ואומר "מסע המגן-דוד המשונה שמנהלת הציונות הדתית בשבועות האחרונים כנגד הנצרות הוא דון-קישוטי. פשוט מלחמה מדומיינת. בעולם של היום, הנוצרים הם בעלי בריתנו ולא אויבינו. כדרכם של בני ברית, לא תמיד מדובר באנשים שהיית שמח לאכול איתם ארוחת ערב. אבל צריך תמיד לזכור שעדיף לאכול - עם מי שלא יהיה - מאשר להיאכל".
בדבריו מדגיש הרב נבון כי בבית המדרש אפשר לחדד את ההבדלים בינינו לבין הנוצרים אך אי אפשר לתרגם זאת למדיניות מעשית. "בבית המדרש, אפשר ואף כדאי לחדד את ההבדלים בינינו לבין הנוצרים. חשוב לדבר על היסודות האנטי יהודיים בתיאולוגיה הנוצרית, ועל ההיסטוריה המדממת של היהודים בארצות הנצרות. אבל אי אפשר לתרגם זאת בפשטות מיידית למדיניות מעשית".
"ניכר שאין לנו, היהודים, ניסיון מדיני", ממשיך הרב נבון. "אי אפשר להפוך שיעור מבית המדרש להנחיה מדינית מעשית. צ'רצ'יל, שירש דורות של ניסיון מדיני, היה חכם הרבה יותר. למרות שהיה אנטי-קומוניסט נלהב, שיתף פעולה עם סטלין נגד הנאצים. כשנשאל על כך הסביר: אם היטלר יפלוש לגיהינום, אומר כמה מילים בשבחו של השטן בבית הנבחרים. ולא שהאפיפיור הוא שטן. הוא גם לא מלאך. ודווקא משום כך, אינני רואה מה טוב יצמח אם נהפוך אותו לאויב מר שלנו".