מנכ"ל בתי הדין הרבניים ודיין בית הדין הרבני הגדול לשעבר, הרב שלמה דייכובסקי, טוען כי ישנם דיינים בבתי הדין הרבניים האזוריים שאינם סרים למרותו של בית הדין הרבני הגדול הפוסק בניגוד לדעתם ההלכתית בערעורים שמגיעים אליו על פסקי דין שנתנו.
ב"קול ישראל" דווח כי בכינוס מצומצם שנערך לפני כמה ימים, בו השתתף הרב דייכובסקי, אמר הרב כי "המוצא היחידי של דיינים כאלו הוא שיתפטרו". עוד טען מנכ"ל בתי הדין כי "דייני בית הדין הרבני רואים עצמם כפופים ישירות לבורא עולם ואם לדעתם טעו דייני בית הדין הרבני הגדול, הם נוהגים להסתלק מדיון בתיק ולא מוכנים לדון בו בניגוד למצפונם ההלכתי". הרב דייכובסקי הסביר כי לדבריו השקפה זו נמצאת בבסיסן של תקלות רבות בעבודת בתי הדין הרבניים.
"לצערנו, בית הדין הגדול בימינו הוא לא בית הדין הגדול ההיסטורי. זה שיתוף השם. נוצר המצב בלתי נסבל שגם לאחר שפלוני זכה בערעור בבית הדין הרבני הגדול, אין בעצם מי שימשיך לדון בתיק", הוסיף הרב דייכובסקי. הוא סיפר, מניסיונו האישי כדיין בכיר בבית הדין הרבני הגדול. "לדעתי, גם לפי ההלכה, חייבים דייני בית הדין האזורי לציית לפסק דינו של בית הדין הרבני הגדול - גם אם הוא פסק בערעור שלא לפי פסיקת הערכאה הראשונה", סיכם הרב דייכובסקי.