האם שר החינוך, נפתלי בנט, ניסה למנוע פרסום מכתב בו תוקף אותו בחריפות הרב שמואל אליהו? את השאלה הזו מעלה זאב קם באתר nrg.
ע"פ הפרסום, זמן קצר לאחר שבנט מתח ביקורת על דברי הרב לוינשטיין, שכינה את הלהט"בים סוטים, כתב רב העיר צפת מכתב לשר החינוך בו הטיח בו האשמות קשות. "האמת היא שזו לא ירייה בתוך הנגמ"ש - זו זריקת רימון על כולנו". כתב הרב אליהו והוסיף, "אם אתה רוצה באמת להילחם על הרוח, אל תילחם בטובי בנינו".
לדעתו של הרב על בנט להלחם ב"ארגוני השמאל הללו שהשתלטו על הרוח בצבא. הילחם בארגונים שמנסים להחליש את משטרת ישראל ואת צה"ל. במקום להילחם בהם אתם יורה בתוך הנגמ"ש על המפקד שהכשיר את החיילים ושלוקח עליהם אחריות".
דבריו החריפים של רב העיר צפת לא נעצרו כאן, "אתה, שזכית להיות מנהיג הבית היהודי, חייב להתנצל בפני הרב לוינשטיין. אתה לא יכול להחזיק בתפקיד חשוב כל כך ולהצטרף ל'רב' קריב ולתנועה הרפורמית. אתה לא יכול להצטרף לשמאל, שבאופן שיטתי תוקף כל רב שמעז לומר את דעתו. אתה לא יכול לעמוד מול הרבנים, מול ראשי המכינות, מול ישיבות ההסדר (אף על פי שזה פופולרי בתקשורת). אתה לא יכול להצטרף לסגן הרמטכ"ל שקורא לכל קצין לומר את דעתו, ובלבד שאינו רב".
בסיום המכתב הציב הרב אליהו ספק איום ספק דרישה בפני בנט ואמר כי "אם אתה רוצה להיות המנהיג של הבית היהודי אתה חייב להתנצל בפניו". קם מפרסם גם, כי היה חשש שהמכתב יפורסם בכלי התקשורת, לכן ניסה בנט לשכנע את הרב אליהו שלא לפרסם את המכתב ואף גייס את הרב חיים דרוקמן, שהצטרף למאמץ השכנועים.
ב nrg פורסם גם כי שר החינוך נפתלי בנט והרב שמואל אליהו סירבו להגיב לדברים.