הרב הצבאי הראשי, תא"ל הרב רפי פרץ, שוחח הערב (ג') עם רבנים בכירים בציונות הדתית ועם רבנים החברים באיגוד ישיבות ההסדר, ואמר להם כי הוא מגנה בכל תוקף את המעשים החמורים שבוצעו אמש, עם פריצתם של עשרות פעילי ימין לבסיס חטמ"ר אפרים. פעילי הימין פגעו בחיילים וקצינים בצה"ל וגם השחיתו רכבים צבאיים במקום.
"אני מגנה בכל תוקף פשעי נקם מכל סוג שהם", אמר הרבצ"ר לרבנים והדגיש כי "אין לגלות הבנה וסלחנות כלפי המעשים שבוצעו אמש בשומרון. פעולות מעין אלו אסורות מבחינה הלכתית ומבחינה מוסרית". הרבצ"ר קרא לרבנים לגנות בעצמם את האירועים, כדי למנוע מחוגים קיצוניים מלהמשיך ולפעול נגד צה"ל.
במקביל פרסם איגוד ישיבות ההסדר גינוי חמור לאירועים. "האיגוד מגנה בחריפות את המעשים הנפשעים שנעשו אמש בשומרון. כל עימות פיזי או מילולי עם צה"ל, מפקדיו וחייליו - הינו חמור ביותר וראוי לכל גינוי", לשון הודעת האיגוד.
באיגוד ציינו כי "מי שעשו מעשים אלו פגעו בבסיס החיים המשותפים של עם ישראל בארצו. אנו מרגישים אחריות לשוב ולחזק את ערכי היסוד שלנו המבוססים על שותפות אמת עם המדינה ומערכת הביטחון".