הרב הצבאי הראשי, תא"ל הרב רפי פרץ, שיגר הערב (ה') אגרת מיוחדת לכלל מפקדי צה"ל, בה הוא מגנה בחומרה את פעולות "תג מחיר" נגד צה"ל. בהתייחס לתקיפת פעילי הימין את מח"ט אפרים, כתב הרבצ"ר כי "מדובר באירוע עברייני חמור, שלא מותיר כל מקום לגילוי שמץ של הבנה או סלחנות".
הרבצ"ר ציין כי לאחר האירוע הוא נפגש עם המח"ט ועם מפקדים נוספים, אשר הביעו זעזוע עמוק בעקבות האירוע. "חשתי כי קיימת בקרב החיילים בשטח גם דאגה כנה ואמיתית לעתידו של המרקם העדין של הליכתנו המשותפת כעם וכצבא העם. זהו הנושא העיקרי שאנו, כמפקדים, מוכרחים לתת עליו את הדעת", ציין הרבצ"ר.
תא"ל הרב פרץ אמר כי הפעולות נגד צה"ל פוגעות בעובדת היותו של צה"ל "צבא העם", כמו גם באחווה וברעות בין חיילי צה"ל לבין עצמם ובין החיילים לבין האזרחים עליהם הם שומרים. "פגיעה בערבות ההדדית הזו, בנס הזה, באחווה המשותפת הזו, היא פגיעה בליבת היסוד של תקומתנו המחודשת בארץ הזו, אהבת ישראל היא ה"דלק" המניע והמקדם של המפעל הציוני, וניסיון הפגיעה בערבות ההדדית הוא ניסיון פגיעה במפעל הציוני כולו. עוצמת הפגיעה וההתמודדות איתה, תלויים מעת בעיקר בנו", טען הרבצ"ר.
"אם קבוצת אנרכיסטים בבלעין תכתים את כל השמאל הישראלי - טעינו. אם קבוצת מיידי אבנים עברייני תכתים ציבור מתיישבים מסור לעמו ולארצו - טעינו. טעויות מסוג זה, הן שהצמיחו את הלגיטימציה להרוג בעם שלנו ללא אבחנה, עלילת דם על יהודי אחד הספיקה כדי להכפיש את כל היהודים", הוסיף הרב תא"ל פרץ.
הרבצ"ר כתב למפקדים כי כרב וכמחנך בציונות הדתית הוא "יודע בוודאות כי זו אינה דרכה של היהדות ואינה דרכה של תורה. ילדי הציבור הציוני דתי, כמו ילדים רבים אחרים במדינת ישראל, יונקים מחלב אמם אהבת ישראל ונאמנות ללא תנאי וללא סייג למדינת ישראל ולצה"ל. תופעות עברייניות כמו האירוע בחטמ"ר אפרים, לא רק שאין הן שייכות לרוח הערכית והמוסרית הטבעית, אלא הן אף אסורות הלכתית מכל וכל".