ביום האחרון הותקף חוק הגיור מצד החרדים בטענה כי מדובר בחוק פרסונלי לטובת הרב דוד סתיו וצהר. לדברי הרב יצחק יוסף חבר הכנסת אלעזר שטרן ניסה ללחוץ עליו לוותר על החוק “'תיתן אישור לדוד סתיו ולריסקין לגייר, זה נגנז' זאת אומרת כל החוק הזה נועד בשביל הדבר הזה", אמר הרב יוסף. שיא התקיפה נכון לרגע זה היה כשבאתר כיכר השבת תקפו את אלעזר שטרן והאשימו אותו בניגוד אינטרסים מכיוון שאישתו עובדת בארגון שורשים ששייך לצהר. התקיפה נגד שורשים לא הגיעה מכיוונו של הרב יוסף, אך מכיוון ששורשים הוא ארגון בת של צהר, מטבע הדברים כשהרב יוסף תוקף את צהר הוא תוקף את שורשים.
אך האם זוהי עמדתה הרשמית של הרבנות? בכלל לא בטוח. לקראת סוכות התראיין הרב דוד לאו, הרב הראשי האשכנזי, ל'כיפה' ולשאלת המראיינים, בהם החתום מעלה, ענה כי "הפעילות של שורשים מבורכת אבל הם פועלים באופן פרטני. אני שולח אליהם אנשים מבית הדין כי כשמגיעים לשומר בעירייה במדינה כלשהי במזרח אירופה ומבקשים שיארגן תעודת לידה הם יכולים לעשות את זה. המדינה לא יכולה לתת שוחד אבל ארגון פרטי כן. הבעיה היא שהם עושים את העבודה באופן פרטני ואני מדבר על מספרים בסדר גודל עצום שרק המדינה יכולה להתמודד איתם".
ומה לגבי צהר? על כך ענה הרב לאו בדיפלומטיות: "כל מי שמשתדל לקרב יהודים ליהדות מבורך ולא מעט אנשים עושים זאת. לא רק צהר. יש הרבה מאמץ היום לקרב יהודים. כותרות על 'אלטרנטיבה' לא מעניינות אותי. למה צריך לדבר בסופרלטיביים? הרבה רבנים עושים מאמצים עצומים וצריך לברך על כך. יש היום חוסר ידע משמעותי בנושאי יהדות וצריך לתקן את התופעה הזו".
שורשים, ארגון אנונימי כמעט לגמרי, כלל לא עוסק בנושא הגיור, אלא בנושאי בירור יהדות ועל כן לא ברור מה גרם לחרדים להעלות אותו על השולחן, למעט ניסיון עקר לתקוף את חבר הכנסת אלעזר שטרן. הגוף קיים כבר שנים רבות, כשבשנת 1999 החליט הרב אריאל להכניסו לצהר, דבר אשר אפשר לארגון רווחה כלכלית. בדוברות ארגון שורשים אמרו ל'כיפה' כי "שורשים הוא ארגון העוסק בבירור יהדותם של יהודים אשר אין להם מסמכים המעידים על יהדותם, לרוב ממדינות בריה"מ לשעבר. הארגון ועובדיו לא עוסקים בגיור. מדובר בארגון בת של צהר, אך הוא מנוהל בנפרד מצהר עם עובדים אחרים ומנכ"ל אחר. אלעזר שטרן לא עובד בצהר ודורית שטרן לא עובדת בגיור ולכן אין כל ניגוד אינטרסים".
האבסורד הוא, שבפועל, בתי הדין הרבניים, גוף של הרבנות הראשית, עובדים עם שורשים, אותו ארגון שבחרו החרדים לתקוף. כבר שנים שבתי הדין הרבניים מפנים לשורשים מקרים של בירור יהדות כשהראשונים לא מסוגלים לבצע עבודות רגישות. במשך שנים היה שיתוף פעולה פורה בין בתי הדין הרבניים לשורשים, אך לאחרונה, בעקבות מקרה אניה בוקשטיין, שיתוף הפעולה הצטמצם. אז כזכור, צהר יזמו דיון בכנסת בו תקפו את התנהלות הרבנות הראשית. עם זאת, כרגע יש מגעים להסדרת העבודה.
תגובת הרבנות הראשית: "הרבנות הראשית היא גוף ממלכתי, ומתוך כך אינו אנו נוהגים - וגם אין לנו זכות - לגבש עמדה לגבי ארגונים פרטיים”.