מה שהביא את המשטרה להרחיק את הרב יהודה גליק מהר הבית הוא בסך הכל התפילה לשלום המדינה אותה נשא גליק על ההר - כך עולה ממסמך רשמי בו התייחסה המשטרה לדבר הרחקתו של גליק ממתחם הר הבית.
בצו ההרחקה שנמסר לגליק על ידי המשטרה נטען כי התפילה לשלום המדינה וחיילי צה"ל, היא ההתנהגות "שעשויה הייתה להוביל לאירוע סדר ולגבות נפגעים בנפש". עוזר מפקד מחוז ירושלים במשטרה, רב פקד שימי מרציאנו, כתב במסמך כי "בהקלטות המצויות בידי המשטרה, [גליק] נראה ונשמע כשהוא מתפלל בקול רם, ובין היתר מתפלל את תפילת "עלינו לשבח" וכן "תפילה לשלום המדינה/חיילי צה"ל".
בתגובה טוען גליק "אינני טוען שלא התפללתי - להיפך. מאז ומעולם אני טוען שאני מקפיד להתפלל בהר הבית ושהמשטרה ידעה על כך", גליק אף מצרף לדוגמא תצהיר שהגיש כבר לפני שנה לבית המשפט, במסגרת תביעה נגד המשטרה. בתצהיר הזה נאמר שחור על גבי לבן בסעיף 7 : "...בכל הפעמים שאני עולה להר הבית אני מתפלל...“. מאז גליק המשיך לעלות ולהתפלל מאות פעמים בידיעת המשטרה.
פעילים בארגוני המקדש טוענים שהסיבה האמיתית להרחקתו של גליק מהר הבית, נעוצה במיזם הליב"ה שהוא החל להפעיל, שבמסגרתה פרסם קריאות לעליות ציבוריות להר הבית. הדבר נודע לוואקף ולארגונים מוסלמים שונים, והללו החלו להסית נגדו. המשטרה נכנסה לכוננות פחד מאיומיהם של הוואקף ושאר הארגונים המוסלמים. זו גם הסיבה שבאותה העת החלה המשטרה להגביל את כניסת היהודים להר הבית לקבוצה אחת בלבד, שלא תעלה על 10 יהודים בכל רחבי ההר.
מחר יקיימו גליק ועורכי דינו חקירה נגדית לאבי ביטון, מפקד המרחב במשטרה. ביטון ייחקר אצל השופט מלכה אביב בבית משפט השלום בירושלים, על התנהלותו במשטרת הר הבית, נהלי התפילה במקום, והחלטותיו לשפוט ולפסוק ולגזור את דינם של העולים להר הבית.
במטה ארגוני המקדש אומרים כי ”הגדרת התפילות לשלום המדינה ולשלומם של חיילי צה"ל, כמעשים שעלולים לגבות נפגעים בנפש, היא הזויה. הסיבה האמיתית היא פחדנות וכניעה לאיומי הטרור של הוואקף והתנועה האיסלמית. למרות שכבר עבר חודש שקט מאז תפילותיו המסורתיות של גליק בהר הבית. ולא נגבה שום נפגע בנפש, המשטרה עדיין מתעקשת להחזיק בעמדותיה המגוחכות והפחדניות“.