פסק הדין של בית המשפט העליון לא התקבל עדיין והפינוי כבר בעיצומו. במקביל פורסם כי שר הביטחון גם הורה להרוס את השטחים החקלאיים למרות שאינם מצויים במחלוקת המשפטית והפסיקה לא חלה עליהם.
שר החקלאות אורי אריאל אל שר הביטחון אביגדור ליברמן בדרישה שיורה לאלוף פיקוד המרכז למנוע את הריסת השטחים החקלאיים. במכתב ציין השר אריאל כי "הוראת בג"ץ להרוס את בתי היישוב שיש עליהם צווי הריסה מנהליים, במפורש לא כללה הוראה להרוס את החקלאות".
אריאל הוסיף כי "הרס החקלאות יכול להתפרש כהפרת צו שיפוטי".
דובר שר הביטחון מסר בתגובה: "שר הביטחון, אביגדור ליברמן, לא הורה על הריסת השטחים החקלאיים בעמונה ולא מתערב בפקודה המבצעית. מכיוון שתושבי עמונה הגישו השגה בנושא פינוי השטחים החקלאיים ליועץ המשפטי לאיו״ש, הנושא עבר למסלול המשפטי והסוגיה מן הסתם תיפתר בסופו של דבר בבג"ץ.
השר ליברמן אומר: ״כתושב נוקדים לבי נמצא בשעה קשה זו עם תושבי עמונה ואני מצפה מכל נבחרי הציבור, ובמיוחד משרי הממשלה, לאמפתיה והתחשבות במפונים ולא לנצל את מצוקת התושבים להאשמות שווא ויצירת מחלוקות בתוך עם ישראל כדי לנסות ולגרוף רווחים פוליטיים צרים. מוטב למי שמאשים עכשיו האשמות סרק לעשות חשבון נפש עם עצמו על ההבטחות ותקוות השווא שנטע בלב המתיישבים".
ליברמן, שביקר הבוקר באריאל אמר: "ליבי עם המתיישבים בעמונה. כולנו חשים חמלה והבנה למחאה השקטה שלהם, שהיא דבר טבעי. במדינה דמוקרטית הזכות הבסיסית של התושבים היא למחות ואני מקווה שכל המחאה תישאר במסגרת החוק''.
'שר הביטחון הוסיף ואמר כי 'אני מצפה מכולם לקצת חמלה וקצת הבנה כלפי המתיישבים, וגם מהמתיישבים למרות הכאב ולמרות הזעם, בכל זאת לשמור על כללי המשחק, על כללי התנהגות, כפי שאנחנו מצפים''