משרד מבקר המדינה בוחן בימים אלו את פעילות ענף "תודעה יהודית" ברבנות הצבאית, בעיקר ביחס שבין חלוקת משימת החינוך בצה"ל בין חיל החינוך לבין פעילות הרבנות הצבאית.
בשנים האחרונות, מוביל ענף "תודעה יהודית" פעילות ענפה בכל בסיסי צה"ל, לרבות בית הספר לקצינים, להטמעת ערכים יהודיים בקרב המפקדים והלוחמים. פעילות זו איננה מוצאת חן בעיני מפקדים בכירים בחיל החינוך, שמתחו ביקורת על מה שנתפס בעיניהם כ"חריגה מסמכות" בתחום החינוך בצה"ל, זאת למרות שפעילות הרבנות הצבאית בנושא זוכה לתמיכתם של הרמטכ"ל וראש אגף כוח האדם בצה"ל.
אלופים במטכ"ל מתחו ביקורת על התערבותו של מבקר המדינה, מיכה לינדשטראוס, בסוגיה זו. לכיפה נודע כי לפחות שלושה אלופים הנושאים בתפקידים מרכזיים בצה"ל, מתחו ביקורת בשיחות פנימיות על התערבותו של המבקר, בטענה כי הדו"ח שעתיד להתפרסם על ידיו בקרוב, עלול לפגוע פגיעה אנושה בערכי צה"ל. ברבנות הצבאית חוששים מפני החלטתו של המבקר, העלולה להפקיע את סמכות הרבנות הצבאית ואף להביא לסגירתו של ענף "תודעה יהודית", או הקמתו בתצורה אחרת תחת חיל החינוך.
לטענת האלופים, פעילות הרבנות הצבאית חיונית לרוח הלחימה של צה"ל - כפי שבא לידי ביטוי משמעותי במבצע "עופרת יצוקה". הקצינים הבכירים התייחסו לדו"ח המבקר, העתיד להתפרסם בשבועות הקרובים. לטענתם, משרד מבקר המדינה הגדיר את פעילות הרבנות הצבאית כפעילות "דתית" ולא "לאומית" - וכיוון שכך הוא עלול להגדיר את העשייה כ"חריגה מהסמכות שנקבעה על פי חוק".
גורם בכיר ברבנות הצבאית אמר לכיפה כי "אם אנשי מבקר המדינה מגדירים את סיורי הסליחות או את עלוני המידע שאנו מוציאים לאור כ"פעילות דתית", הרי שבקלות ניתן להניח כי הרבנות הצבאית חרגה מסמכותה. אלא שלא היא: גם ברבנות הצבאית ובעיקר בקרב הלוחמים והחיילים בשטח, נתפסת המשימה כמשימה לאומית. מטרתנו היא לבסס את התודעה היהודית בקרב לוחמי צה"ל, להסביר להם בשביל מה הם נלחמים, כדי לעודד אותם למוראל לחימה גבוה ומבצעיות המתבססת על הערכים ההיסטוריים של העם היהודי".
במשרד מבקר המדינה אישרו את קיומו של הדו"ח וציינו כי המשרד בוחן בשלב זה את "העיסוק בתודעה היהודית בין מפקדת קצין חינוך ראשי לבין הרבנות הצבאית הראשית ואת סוגיית שירות חרדים בצה"ל". במשרד הבהירו כי "מעבר לכך לא נוכל להוסיף פרטים כדי לא לשבש את עבודת הביקורת בנושאים האמורים".
מדובר צה"ל נמסר בתגובה כי "עם פרסום הדו"ח ילמדו בצה"ל את האמור בו".