רבים תהו במערכת הפוליטית מדוע אצה לשר הביטחון הדרך להתחיל בפינוי עוד לפני שבית המשפט העליון נתן את החלטתו וכעת במהלך הפינוי ההחלטה הגיעה: השופטים סלים ג'ובראן, יורם דנציגר וניל הנדל הודיעו כי הם דוחים את הפתרונות של נכנסי נפקדים ו'פירוק שיתוף' ובעצם ביטלו את הבסיס עליו ישב המתווה עליו חתמו המתיישבים.
השופט ניל הנדל היה בדעת מיעוט.
"בהתחשב בבקשתם של המשיבים מסוף הדיון שנשחרר את פסק דיננו במהירות המירבית האפשרית", כתבו השופטים בהחלטה, "הוחלט בדעת רוב של השופטים ס' ג'ובראן ו-י' דנציגר - כנגד דעתו החולקת של השופט נ' הנדל - לקבל את העתירה ולהפוך את הצו על-תנאי לצו מוחלט".
מתנועת רגבים נמסר בתגובה: "בית המשפט העליון הוריד היום שוב את כף הבולדוזר על הדמוקרטיה בישראל, בכך שפסל את המתווה לפינוי בהסכמה שהתקבל על ידי הממשלה והתושבים. התנהלות בג"ץ בפרשת עמונה לאורך השנים האחרונות, מקוממת ומעוררת השתאות בהשוואה להתנהלותו בעתירות כנגד כפרים בדואים שהוקמו שלא כדין בנגב, תוך השתלטות על אדמות פרטיות בבעלות יהודיות.
בפרשת עמונה, לא נחה דעתם של השופטים - עד להריסת בתי היישוב, ואילו בעתירות שהגישה רגבים בשם בעלי קרקע שאין מחלוקת על בעלותם, סירב בג"ץ, משום מה, לעמוד על זכותם של בעלי הקרקע, ואף לא הציב לוחות זמנים הדורשים מהמדינה להשיב את הקרקעות לבעליהן. היום הזה, ייזכר כיום בו גרם בג"ץ במו ידיו, לכרסום נוסף באמון הציבור במערכת המשפט".