תוכנית הלימודים החדשה בתנ"ך, שנכנסה לכיתות י' בכל בתי הספר התיכוניים בחמ"ד, עוררה גלי ביקורת מצד הזרם החרדי-לאומי בציונות הדתית. הרב שלמה אבינר הוביל את המתקפה נגד התוכנית החדשה, כשמנגד, במנהל לחינוך דתי, הסבירו כי תכלית התוכנית היא לחבר את תוכנית הלימודים אל הנוער ולשפר את ציוניו בבחינות הבגרות.
אלא שמבדיקת כיפה עולה כי הטמעת התוכנית, שנבחנה לראשונה למעשה בבגרויות האחרונות בקיץ, טרם הצליחה להוכיח את עצמה משמעותית. ממוצע הבגרויות הארצי בתנ"ך, במסגרתו כמחצית מהנבחנים נכשלו בבגרויות, נותר פחות או יותר באותו היקף - חרף הטעמת תוכנית הלימודים החדשה.
מדובר באכזבה לחמ"ד, שתכנן כי הטעמת התוכנית תסייע בהעלאת הציונים ובחיבור התלמידים לתוכן הנלמד. עם זאת, בחמ"ד מציינים כי שיתוף הפעולה עם המורים לתנ"ך התחזק, וכי רובם ככולם מרוצים מהטמעת תוכנית הלימודים החדשה, חרף העובדה שהיא, כאמור, טרם הצליחה להוכיח את עצמה.
נזכיר כי מירי שליסל, המפקחת על לימודי התנ"ך בחמ"ד, הסבירה בעבר במפגש סגור עליו דיווחנו בכיפה כי "יצאנו לתוכנית הלימודים החדשה בתנ"ך, בין היתר לאור העובדה כי חצי מהניגשים לבגרות בהיקף 3 יחידות לימוד - נכשלו".
יו"ר החמ"ד, אברהם ליפשיץ, התייחס לנתונים והסביר במכתב למפקחים כי "בסך הכל ציוני הבגרות השנה היו דומים לציוני השנים שעברו, עם מעט עלייה בציונים. אנו לומדים את הנתונים ונסיק את המסקנות מהם בעזרת ה' לקראת המבחנים הקרובים".