תלונה הוגשה למשטרה נגד הרב מוטי אלון בגין תקיפה מינית של קטין שבוצעה ב-2002. הצעיר שסירב להגיש תלונה נגד הרב הנערץ, שעל פי החשד תקף אותו מינית, הגיש תלונה במשטרה.
בשנת 2013 הורשע הרב אלון במעשים מגונים בקטין ונידון לשנת עבודת שירות, אולם נגד הרב לא הוגשה תלונה מעולם, כיוון שהצעירים שפגע בהם סירבו להתלונן במשטרה, אולם נראה שכעת אחת מהם מעז להתלונן ולהתעמת מולו.
לפני כחודש וחצי, פנה צעיר נוסף ל'פורום תקנה', הפועל למיגור פגיעות מיניות בציבור הדתי, וטען כי הרב אלון פגע בו במהלך פגישות פרטניות שהתקיימו בניהם. הצעיר ביקש להתייעץ עם הרב אלון, אולם לפתע הפגישות החלו לקבל אופי מיני. הצעיר, שחשש שלא יאמינו לו, תיעד והקליט את הפגישות עם הרב.