על אף ממשלת האחדות החדשה, המתיחות בין חברי הליכוד לכחול לבן ממשיכות. לאחר שמירי רגב נתנה ראיון בו אמרה כי גנץ לא מתאים לתפקיד ראש הממשלה, ועוד חילופי האשמות בין חברי המפלגות, כעת מגיע ויכוח חדש. שר המדע והטכנולוגיה לשעבר אופיר אקוניס, מהליכוד, יצא נגד ההחלטה של מחליפו השר יזהר שי, מכחול לבן, על מינוי פרופ׳ יעל אמיתי לעמוד בראשות הקרן ישראל-גרמניה למדע.
על פי אקוניס הוא מנע בעבר את מינויה של אמיתי בשל התבטאויות שלה בהן קראה לסרבנות. שי טען כי מדובר באמירות בלבד ולא מעשים של פרופ' אמיתי ושהיא חזרה בה מדבריה, אלא שאקוניס סובר שלא כך הדבר. "למרות כל ניסיונותיי בשנתיים האחרונות לחלץ אמירה שלה נגד סרבנות, או חזרה בה מהחתימה על עצומה פוליטית של אנשי אקדמיה בעד הסרבנות, הגברת אמיתי מתעקשת לעמוד על המעשה הפסול שלה, שנעשה תוך כדי אינתיפדת אל אקצא שקטלה מאות רבות של אזרחי ישראל, רק בשל היותם יהודים" אמר אקוניס.
עוד הוסיף ואמר: "לא אישרתי את מינויה של פרופ׳ אמיתי, לא בגלל דעותיה - אלא בגלל מעשיה. שידול לסרבנות הוא עבירה פלילית ושידול לסרבנות בזמן לחימה - הוא עבירה חמורה ביותר בספר החוקים של מדינת ישראל". לסיום אמר: "אני עדיין מקווה ומאמין שהשר שי ימצא את הדרך לבחור אשת אקדמיה אחרת שתייצג בגאווה וברצון את מדינת ישראל בקרן המחקר ישראל-גרמניה ולא תאמר עוד ש״איננה מייצגת את המדינה״, כפי שחזרה ואמרה אמיתי פעמים אחדות".