לאחר שוועדת השחרורים קיבלה את בקשתו של הרב יונה מצגר לשחרור מוקדם בשל התנהגות טובה, הבוקר (ד') שוחרר מצגר ממאסר, לאחר שריצה שנה ועשרה חודשים מאסר, מתוך שלוש שנים וחצי שנגזרו עליו בשל שוחד ומרמה בהיקף של מיליוני שקלים.
במסגרת כתב האישום נגד מצגר, שהוגש ב-2015, יוחסו לו שורה של עבירות שביצע במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל, ובהן עבירות שוחד, הפרת אמונים, קבלת דבר במרמה הלבנת הון, עבירות מס והדחה בחקירה. לפי כתב האישום, שכלל שמונה עבירות, מצגר קיבל תשלום בתמורה לסיוע לתושבי חוץ בהליכי גיור ובירור יהדות תוך ניצול תפקידו. בנוסף הואשם מצגר כי פעל לגיוס תורמים לעמותות, בתמורה לקבלת אחוזים מהתרומות לכיסו הפרטי, והן בקבלת סכומי כסף משמעותיים במסגרת אירועים פרטיים, בעד פעולות הקשורות בתפקידו כרב הראשי לישראל.
במסגרת הסדר הטיעון נמחקו למצגר כמה עבירות של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות וקשירת קשר לביצוע פשע, פחת מספר העבירות של לקיחת שוחד, כאשר שניים מתוך שמונת האישומים נמחקו לחלוטין. כמו כן, הסכומים הנוגעים לעבירות מס צומצמו ועבירת ההדחה בחקירה הומרה בעבירה של שיבוש מהלכי משפט.
ועדת השחרורים קבעה כי הרב מצגר ישולב בקבוצה טיפולית לעברייני עבירות מרמה מחוץ לכותלי הכלא. לדברי גורם המקורב למצגר, במהלך הדיונים הוא הביע חרטה על מעשיו.
"אנחנו מברכים על ההחלטה שהיא ראויה ומאוזנת", אמרה עו"ד רותם טובול שייצגה את הרב הראשי לשעבר, "האסיר השתלב במעגל התעסוקה בכלא ותרם רבות במסגרת החינוכית, לימד אסירים קרוא וכתוב והשתתף במגוון טיפולים".