הרבנות הראשית הגישה את עמדתה לבג"צ ביחס לסוגיית מתווה הכותל. בדבריה הביעה הרבנות את התנגדותה לעמדת פרקליטות המדינה המייצגת את המשיבים בסוגייה, ואומרת כי התקנות לשמירה על המקומות הקדושים חלות גם על רחבת הכותל הדרומית, "שקדושתה אינו פחותה מזו הצפונית".
בפתח דברי הרבנות נכתב לגביי המשיבים המיוצגים ע"י פרקליטות המדינה : "בעוד שבכל הנוגע לקביעה כי הכותל קדוש לכל אורכו ובאשר לתחולת התקנות על הרחבה הדרומית עמדת הרבנות זהה לעמדת המשיבים... הרי שלקביעתם לפיה בידם הסמכות להכפיף את תחולת התקנות לתנאים אותם הם קבעו, באופן הסותר את התקנות עצמן – אין הרבנות רשאית להסכים", נכתב.
עוד נכתב כי מעמדת הפרקליטות משתמע כי ישנו ניסיון לאפשר לעותרות להתפלל בניגוד לתקנות בכותל המערבי - ויהי מה: "דומה שהעמדה המובאת בהודעות הפרקליטות היא לאפשר לעותרות להתפלל "כדרכן" בכותל המערבי ויהי מה, ולצורך כך ניתן, כביכול, להעלים עין בין היתר מהמשמעות הדתית שבחילול הכותל, מהשינוי במנהג המקום ומקביעתם של הרבנים הראשיים לישראל כבעלי הסמכות ההלכתית העליונה והן מסמכותו של השר לשירותי דת במינוי ממונה על מקומות קדושים בהמלצת הרבנים הראשיים לישראל.
הרבנות תמשיך לעמוד על משמרתה ותדאג כי גם ברחבה הדרומית של הכותל, שקדושתה אינה פחותה מזו של הרחבה הצפונית לה, יישמר מנהג המקום מזה דורי דורות, ממנו נגזרים סדרי התפילה וכללי ההתנהגות.
הדיון שנערך בלשכת היועץ המשפטי לממשלה בנושא הרחבה הדרומית לא כלל את בעלי הסמכות ההלכתית, וה"סיכום" במסגרתו מנוגד להלכה ולדין".
בהמשך הדברים הביאה הרבנות את עמדת ההלכה, לפיה "תפילה מעורבת של נשים וגברים מנוגדת לחיוב ההלכתי המוחלט בדבר הפרדה בין המינים בבתי כנסיות ובמקומות קדושים בזמן תפילה... תפילה מעורבת בסמוך לכותל אסורה מבחינה הלכתית בכל תכלית של איסור ומחללת את קדושתו, והיא מנוגדת ניגוד מוחלט לדין הנוהג מדורי דורות.."
בטענות שהעלתה הרבנות, כפי שהובאה על ידי עורכי הדין דורון טאובמן ואילת כהן ממשרד עו"ד כספי ושות', נכתב כי התקנות ההלכתיות חלות גם ברחבה הדרומית וכי הרבנות הראשית היא הסמכות ההלכתית במקום ומכוח כך לא ניתן למנות לרחבה הדרומית ממונה שאינו כפוף לרבנות. בסיום הדברים הביעה הרבנות את התנגדותה בכל תוקף לפרוייקט הבינוי ברחבת הכותל הדרומית. "החלטת ועדת השרים התקבלה ללא שמיעת עמדתה (של הרבנות, א"ד), על אף פניית הרבנים הראשיים בבקשה להופיע בפני הוועדה וללא שמיעת שר הדתות".
מעמותת ליב"ה יהודית, אחת העותרות כנגד מתווה הכותל, נמסר בתגובה: "התשובה הבהירה והמנומקת של הרבנות הראשית מבהירה מעל לכל ספק: לתנועה הרפורמית שזנחה את תורת ישראל אין שום מקום ומעמד בסמוך לשריד בית מקדשנו. מנהג המקום הוא המנהג בו נהגו ישראל בכל הדורות ועליו נאבקו ומסרו את נפשם, והוא המנהג אותו קובעת ומגדירה הרבנות הראשית לישראל, שהיא הסמכות ההלכתית הבלעדית במדינה.
הגיע הזמן לומר לתנועות הרפורמיות שהן מוזמנות להתפלל עם מיליוני האנשים הפוקדים את הכותל - יהודים ושאינם יהודים - וכולם מכבדים את מנהג המקום וקדושתו, ומתפללים בהפרדה וללא פרובוקציות. אנו קוראים לראש הממשלה ולשרי הממשלה לתקן את העוול ההיסטורי ולהחזיר את הרחבה הדרומית להיותה מקום של תפילה כהלכה, כפי שהיה מאז ומעולם. שריד בית מקדשנו אינו מקום למלחמות פוליטיות או לניסיונות נואשים של ארגונים לקבל הכרה ציבורית. כותל אחד לעם אחד!"
מזכ"ל התנועה המסורתית (הקונסרבטיבית) יזהר הס, מסר בתגובה: "עמדת הרבנות הראשית שהוגשה הבוקר לבג"צ היא מסמך מנותק מהמציאות שמוכיח דבר אחד: הרבנים הראשיים פוחדים. דעתם אינה סובלת את מהנוכחות ההולכת וגדלה של הקהילות הקונסרבטיבית והרפורמית בישראל. אבל הם יתרגלו, כי אין ברירה. לא ייתכן שהזרם היהודי הקיצוני ביותר והקטן ביותר ביהדות הגלובאלית ימשיך לנהל את חיינו הדתיים והאישיים. במדינה שהיא גם יהודית וגם דמוקרטית לכל אדם שמורה הזכות לבטא את גישתו הרוחנית בדרכו. הגיע הזמן שגם הרבנות הראשית תבין זאת."