הר הבית אינו רשום בטאבו על שם מדינת ישראל או כל גורם אחר. עמותת "ישי" מנסה כבר יותר מחמש שנים לקדם הליך של רישום הר הבית בטאבו על שם המדינה, אך מרכז למיפוי ישראל מסרב לדון בנושא. זוהי אינה העם הראשונה שבקשה כזו נדחית. בחמישים השנים האחרונות נדחו כ-150 עתירות, לעומת אחת או שתיים בלבד שהתקבלו.
המרכז למיפוי ישראל אמון על פיקוח ובקרה של תהליכים ועבודות בתחום תשתית בישראל נמנעו מרישום הר הבית בטאבו עד היום כיוון שקיימים "חששות לפגיעה ממשית בסדר הציבורי וביחסי החוץ של המדינה". בנוסף המרכז טוען כי מדובר בהליך סרק נעדר תכלית, משום שלעמותה אין זכויות קנייניות בקרקע הר הבית ולכן לא תוכל לעשות בהמשך שימוש בתוכנית לשם הסדרת הקרקע ועריכת רישום ראשוני שלו בטאבו. עמותת "ישי" הבינה את המגבלה אך בכל זאת רצתה להמשיך בהליך מתוך מחשבה ששינוי המציאות הפוליטית עשוי במוקדם או במאוחר להביא נבחרי ציבור להשלים את התהליך ההיסטורי.
העמותה עתרה לבית המשפט העליון בטענה שהמרכז אינו יכול לקבל החלטות הרות גורל כאלו על דעת עצמו, והוא חרג מסמכותו. לדעת העותרים על המרכז לבחון את התכנית ואת הבקשה בטרם ידחה אותה. שופטי בג"ץ דחו את העתירה בטענה שאין לעמותה שום חזקה על הר הבית ולכן אינם יכולים לבקש מהמרכז לדון בתכנית. יתר על כן, השופטים טוענים כי אם תקנות המדידות מאפשרות למי שאיננו בעל זכות בקרקע להגיש תוכנית לצורכי רישום, רשאי היה המרכז למיפוי ישראל לסרב לטפל בבקשה, "נוכח הייחודיות של הר הבית".
עו"ד איריס אדרי שייצגה את העמותה בעתירה טוענת כי זהו ישננו הסבר אחר להחלטת השופטים שלדחות את העתירה "מנטרת קסם ששגורה בפי הרשויות בכל פעם שמובא לפתחן נושא הכרוך בענייני הר הבית" והוסיפה "כאילו הר הבית הוא שטח אקס-טריטוריאלי שבו אין תחולה לחוקי מדינת ישראל. המנטרה הזו משמשת את הרשויות באופן קבוע כדי לחמוק מכל דין ומכל אחריות, ולהפר כל זכות במקום הזה".