הרב שי פירון מתייצב לימין הקהילה ההומו-לסבית בישראל, תוך שהוא מבהיר את עמדתו ההלכתית שפורסמה לפני כעשור באתר כיפה. אז, כשהיה ראש הישיבה התיכונית בפתח תקווה, כתב הרב פירון באתר כיפה, בתשובה לגולשת שהתבלטה לגבי נטיותיה המיניות, כי "עלייך לדעת שההלכה היהודית רואה בכך בעיה נשלטת, בת תיקון. כן, אנו רואים בכך פגם. פגם מוסרי, אבל יותר מכך פגם מהותי, רוחני. התפיסה היא שכל אחד מאיתנו נולד חסר, לא שלם, והמפגש בין אישה לאיש הוא שיוצר שלמות אחת".
עם כניסתו הרשמית לחיים הפוליטיים עוררו דבריו של הרב פירון סערה ברשת ותגובות נזעמות. כפי שדווח בכיפה, הרב פירון עצמו הדף את הביקורות וטען כי מנהלים נגדו מסע ציד. אלא שלא די בכך: הרב פירון נפגש בסוף השבוע עם עשרות הומואים ולסביות דתיים, כדי לשוחח על עמדותיו בסוגיה.
בפגישה, שתוכנה דווח הבוקר ב“מעריב“, אמר הרב פירון כי הוא ”ליברל, ומאמין שכל אחד צריך לקבל את האפשרות לחיות את חייו כמו שהוא מאמין. כל מה שכתבתי בעבר - כתבתי. דבריי לא הוצאו מהקשרם. אבל כל אדם לומד, משתנה, מתפתח“. הוא ציין במפגש כי הוא ”חושב שלא שיניתי את הצד היהודי ביחס שלי, אבל שיניתי באופן מהותי את העמדה הליברלית שלי. גם אני למדתי והתפתחתי בעניין הזה. אני לא חושב שיש לי זכות בכלל להתעסק במה שקורה בחדרי מיטות של אחרים. כל אחד יחיה את חייו באופן שהוא מבין".
הרב פירון אמר במפגש כי הוא חושב שאין לו את הזכות ”לשלול את ברית הזוגיות מאנשים שרוצים לקיים מסגרת משפחתית, תהיה המסגרת אשר תהיה. אני חי בשלום עם המילים ברית זוגיות, אבל אני לא חי בשלום עם המילה נישואין. אני חי בשלום עם כל ההטבות הכספיות והנגזרות החוקיות מהעניין". עוד הביע הרב פירון תמיכה בהיתר להומואים ולסביות דתיות להרות באמצעות אם פונדקאית בישראל וטען כי הוא ”לא חושב שאדם שרוצה לגדל ילד צריך לנסוע לחו"ל בשביל שיוכל להרות“.
מספר 2 ברשימת ”יש עתיד“ אמנם הבהיר כי הוא לא יהיה חבר בשדולה ההומו-לסבית בכנסת הבאה, אבל כן יהיה קשוב לצרכי הקהילה. ”חשוב מאוד שכל אדם מהקהילה ההומו-לסבית יוכל לחיות את חייו בזכויות מלאות ובאופן מיטבי, ואני אפעל לשם כך בכנסת כי אני ליברלי באופן עמוק".