גדול הפוסקים ומנהיגה הרוחני של מפלגת ש“ס, הרב עובדיה יוסף, הקדיש חלק מדרשתו השבועית שנשא אמש (מוצאי שבת) למתקפה ישירה נגד ”הבית היהודי“, זאת בעקבות חשיפת כיפה שהביאה את דבריה של איילת שקד, מספר 5 במפלגה, שהביעה תמיכה בנישואין אזרחיים לפסולי חיתון.
"קוראים אותם 'הבית היהודי', זה לא בית של יהודים, זה בית של גויים, הם רוצים לעקור את התורה, לעשות נישואים אזרחיים, אסור לבחור בהם, אלה דתיים אלה? מי שבוחר בהם הוא כופר בתורה", אמר הרב עובדיה יוסף, "יש אנשים חושבים אותם שהם דתיים, מפד"ל, קוראים אותם מפד"ל, מי אלה האנשים קוראים אותם 'הבית היהודי', זה לא בית של יהודים".
"כולם רשעים, שונאי תורה, שונאי מצוות, רוצים לעשות תחבורה ציבורית בשבת, חוטא ומחטיא, רוצים לעשות תערובות“, הוסיף הרב עובדיה, ”יהודי שרוצה להתחתן לא יתנו לו הרבנות, הם (הבית היהודי - א.פ) רוצים שמשרד הדתות הוא יחתן אותם, יעשו נישואים אזרחים, זה שמעתם? איך טועים בהם שהם דתיים? בתוכם יש חברי הכנסת שלהם אנשים כופרים בעיקר, חילוניים לגמרי, איך ללכת איתם? לתת יד לזה?".
בנט הגיב לדבריו של הרב עובדיה יוסף וטען כי ”מטרתנו אינה חלילה לעקור את התורה, אלא להיפך: להביא לעם ישראל את פניה היפות של היהדות והמסורת. להיות גשר בין דתיים לחילוניים, בין ספרדים לאשכנזים. מיליוני ישראלים אשר עושים קידוש בערב שבת, אך לאו דווקא חובשים כיפה, מחפשים יהדות אוהבת, יהדות מסבירת פנים“. בנט ציין כי הוא ”רוחש כבוד גדול והערכה עמוקה לרב עובדה יוסף כתלמיד חכם וכגדול פוסקי ההלכה בימינו“.