תשובת מחלקת החנינות לבקשת החנינה של נתניהו נחשפה הבוקר (ה') במלואה וממנה עולה כי הסיכויים לאישור בקשתו של נתניהו אפסיים. בחוות הדעת הוצגו שורה של סיבות לשלילת בקשתו של נתניהו וביניהן פגיעה קשה בעקרון השוויון ובעקרון הפרדת הרשויות.
מחלקת החנינות: לא ניתן להתעלם מסירובו של נתניהו להודות באישומים
בתשובת מחלקת החנינות נכתב כי "בקשת נתניהו מתבקשת בעיצומו של הליך המתנהל בבית המשפט, להבדיל מהחנינה בפרשת קו 300 שניתנה בשלב שלפני החקירה במשטרה, היא מוגשת ללא הסכמת היועץ המשפטי לממשלה, ללא פרישה (בשונה מפרישת ראש השב"כ בפרשת קו 300); כאשר על פניו קיימת חלופה משפטית בדמות עיכוב הליכים, וכאמור ללא הודאה כלשהי במעשים המיוחסים בכתב האישום".
עוד הוסבר בחוות הדעת כי העובדה שנתניהו מסרב להודות באישומים "אינה עניין של מה בכך". במחלקת החנינות הדגישו: "ניסיונה המצטבר של מחלקת חנינות בטיפול בבקשות חנינה שהובאו לפתחה לאורך עשרות שנות פעילותה, מלמד כי הודאה וחנינה כרוכות זו בזו. הקשר הבל ינותק - מושגי ומוסרי כאחד - בין חנינה לבין הודאה, מעוגן גם במסורת היהודית".
במחלקת החנינות הוסיפו וטענו כי גם במצב שסמכות החנינה בידי הנשיא חלה במקרה של נתניהו, "הרי שהפעלת סמכות החנינה בעניינו של מר נתניהו עלולה לגרום לפגיעה בעקרון שוויון הכל, פני דל ופני גדול, בפני החוק".
במחלקת החנינות הזהירו: חנינה לנתניהו תפגע משמעותית בעיקרון השיוויון
עוד הדגישו במחלקת החנינות: "לנוכח מעמדו הרם של נתניהו, פגיעה כה משמעותית בעקרון השוויון ובעקרון הפרדת הרשויות, היעדר הכרעה ברורה בשאלת האשם מצד אחד, ובטענות המועלות בבקשה על אודות התנהלות חריגה ופסולה של גורמי החקירה והתביעה מן העבר השני - עלולה לגרום לפגיעה קשה באמון הציבור במוסד החנינה והנשיאות כאחד, ואף להעמיק את הקרעים והקיטוב בין חלקי החברה השונים במדינה".
גם את טענות נתניהו על האינטרס הציבורי באישור החנינה דחו במחלקת החנינות: "מרבית הטענות אודות ההשלכות החיוביות שיש בהענקת חנינה הינן בגדר הערכה בלבד, שאמיתותה יכולה להתברר רק בדיעבד" נכתב. "אין בידי מחלקת חנינות כלים מקצועיים, מדידים ואמפיריים על מנת לאמוד את האתגרים המדיניים והביטחוניים של מדינת ישראל כפי שמוצגים בבקשה, להעניק להם את המשקל המתאים להם ולאזנם אל מול אינטרסים ציבוריים אחרים. כך גם, אין בידי מחלקת חנינות כלים מקצועיים להעריך באופן אמפירי את השלכות הענקת חנינה למר נתניהו על המצב החברתי בישראל".
לא נוכל לקבוע כי סמכות החנינה הקבועה בידי הנשיא חלה במקרה זה
לסיכום חתמו במחלקת החנינות: "על יסוד התשתית העובדתית והמשפטית ומערכת הנסיבות הכוללת המונחת ביום בפנינו לא נוכל לקבוע כי סמכות החנינה הקבועה בחוק יסוד: נשיא המדינה חלה במקרה דנן. כמו כן, לא נוכל להמליץ לנשיא המדינה לנקוט בצעד חריג ומרחיק לכת של הפעלת סמכות החנינה על דרך הפסקת ההליך המשפטי המתנהל נגד מר נתניהו".