בפרשות אלו אנו עוסקים בענייני טומאה וטהרה, החל מטומאתם של המאכלות האסורות ועד לטומאת הגוף של היולדת והמצורע. כיוון שכיום אין אנו מצויים די הצורך בהלכות אלו אנו מתקשים לעיתים להבין את הסדר והחוקיות של הפרטים ופרטי הפרטים, אולם לאמיתו של דבר סדר 'טהרות' שמקורו בפרשיות אלו קובע כללים ברורים בנוגע לסיבות הטומאה ולחומרתן של הטומאות השונות ולדרך טהרתן. ובכלל זה גם פרשת הצרעת עומדת בתוך תבנית של חוקים ברורים, שעל פיהם נקבע מהם סימני הטומאה ומהם סימני הטהרה, אילו מהם סימנים מוחלטים שקובעים את מעמדו של 'המצורע המוחלט' ואילו מהם אינם מספיקים אלא לקבוע את מעמדו של 'המצורע המוסגר'.
ולמשל, שיער לבן במקום הנגע המצטרף למראה הבהרת הלבנה הוא סימן טומאה מוחלט, ולעומת זאת שיער שחור שצמח בו הוא סימן טהרה, ויש מצבים שצירוף סימנים אלו אינו החלטי ויש צורך להסגיר את המצורע כדי לקבוע את דינו בעתיד.
ולאור זאת, יש לתת את הדעת על המצורע היוצא מכלל זה ולגביו סימני הטומאה נחשבים דווקא כסימנים לטהרה. ואם לפי הכללים שהזכרנו ריבוי מראה הלבן הוא סיבה לטומאתו, הרי שכאשר הצרעת מכסה את כל עורו של המצורע הריהו יוצא מכלל זה – "כולו הפך לבן טהור הוא" (יג, יג), וחריגה זו אומרת דרשני.
דין חריג זה מחייב להדגיש שסימני הטומאה אינם מטמאים מחמת עצמם, ועל כן אין להתפלא אם יש פער בין הסימן הניכר לעין החיצונית כמעיד על טומאה גדולה לבין דינו האמיתי שנקבע מסיבות הגלויות וידועות לפני ה', וכפי שאמר ר' יוחנן לתלמידיו "חייכם, לא המת מטמא ולא המים מטהרים אלא מי שאמר והיה העולם" (מד"ר חוקת). אך הא גופא קשיא, מהי המשמעות של סימן טהרה זה שנראה כסותר לגמרי את סימני הטומאה האחרים התלויים במראה הלובן והתפשטותו.
ניגע בשני ביאורים מנוגדים שנאמרו בדבר האחד על יד הרב והאחר על ידי התלמיד, אולם לאמיתו של דבר הם משלימים זה את זה. בעל 'העמק דבר' (שם) ביאר שטהרתו של מצורע זה נובעת מחסרונו, דהיינו שחטאו גדול עד כדי כך שתהליך הטהרה אינו יכול להועיל לו ועל כן מיותר לטמא אותו. שהרי הצרעת בכללותה לא באה אלא לעורר את האדם לתשובה, והתעוררות זו לא נועדה אלא למי שראוי לכך. לדעתו, אדם שקלונו גלוי וידוע לכל אינו בר תשובה משום שבזה התברר עד כמה אינו ראוי לקבל מוסר ותוכחה, ועל אחת כמה וכמה כאשר שב וחטא לאחר שנענש שאין מספיקין בידו לעשות תשובה. ומשום כך התורה חזרה פעמיים על דין זה, כדי לרמוז שמדובר באומר "אחטא ואשוב".
ולעומתו, הרב קוק תלמידו (מאמרי ראי"ה עמ' 99) ביאר להפך, שטהרתו של מצורע זה נובעת דווקא מגדלותו ומיכולתו להשתמש בכוחות הרוע והטומאה לעבודת ה' ולהטותם לצד הטוב והקדושה. אמנם גם הוא מודה שהשקיעה של החוטא בחומריותו הגסה אינה מותירה מקום לעורר אותו לקבלת מוסר ותוכחה בדרכים המקובלות, אך היא גופא הנותנת לטהר אותו בלא להזדקק לסדרי הטהרה כשאר המצורעים. לדעתו, מצורע זה מייצג את דורו של 'עקבתא דמשיחא' שחתירתו לעולמה של קדושה וטהרה נשגב מאיתנו, והוא עובר דרך עומק העומקים החומרי של החטא והטומאה.
לתפישתו, יש להעמיק עוד יותר במהותן של הטומאה והטהרה, ולא זו בלבד שהן אינן תלויות בהכרח בסימנים החיצוניים אלא שלעיתים הטהרה מתגלה דווקא במקום הטומאה. ומשום כך יש לחזור ולשנן ש"לא המת מטמא ולא המים מטהרים אלא מי שאמר והיה העולם".