בשנת תשס"ח ציינה ישיבת הר עציון ארבעים שנה להקמתה. לאורך כל אותה שנה התקיימו מפגשי בוגרים של הישיבה בהשתתפותו של הרב עמיטל. באחד המפגשים ביקש הרב עמיטל לעמוד על משמעות ארבעים השנים שמלאו לישיבה. הוא הזכיר את הסיפור החסידי המכונן שסיפר במפגש הראשון שלו עם הבחורים שבאו ללמוד בישיבה ושאלו במה יתבטא ייחודה. "אמרתי אז שאם לומדים תורה ולא שומעים בכיו של תינוק הלימוד שלנו פגום. אנחנו מחנכים לא רק לאהבת תורה אלא גם לאהבת ישראל. אנחנו לא מנותקים אלא קשובים לשמוע מה בכיו של העולם. במשך ארבעים שנה היו הרבה תופעות בעם, הבעיות משתנות, אבל תמיד לישיבה היה מה להגיד. לפני ארבעים שנה הייתה אופוריה, היו ימים משיחיים, והיום יש כבר הרבה ספקות ופסימיות וייאוש. הישיבה הייתה רלוונטית אז, ואנחנו רלוונטיים גם היום בעולם לגמרי אחר. זה דבר גדול". הרב הוסיף ואמר שזו הייתה כנראה כוונתם של חז"ל כשאמרו שאין אדם עומד על דעת רבו אלא רק לאחר ארבעים שנה. "אם הדברים של הרב עדיין רלוונטיים לאחר עשרות שנים, זה סימן לאדם שהוא אכן עמד על דעת רבו".
אחד ממפגשי הבוגרים התקיים לאחר פיגוע ירי קשה בישיבת 'מרכז הרב' בו נהרגו שמונה מתלמידי הישיבה. הרב עמיטל התייחס להתבטאותו של אחד הרבנים החרדים שטען שהפיגוע התרחש בגלל הציונות והמדינה. "איך אדם אומר דבר כזה אחרי השואה?", הוא זעק. "אין לך תשובה על מיליונים, אז יש לך העוז והחוצפה להסביר למה זה קרה?.". הרב סיפר שבחורים צעירים שאלו אותו איך כן אפשר להסביר את הפיגועים הקשים והוא ענה להם שלא ניתן לתת לכך הסבר. "אמרתי להם שיקבלו על עצמם איזה תפקיד תורני או מעשה של חסד ויחזיקו מעמד, אבל תשובה אין לי, ומי שאומר שיש לו תשובה, זה שקר. זה מבחנו של הדור. פתאום יש כאלו שיודעים דעת עליון ויודעים מה קורה בשמיים". הוא הוסיף וטען שאחת הסיבות למשברים בציונות הדתית היא העובדה שרבנים דיברו בוודאות על רצונו של הקב"ה. "לאחר הניצחון של מלחמת ששת הימים ידעו לומר שכביכול הקב"ה אמר הלכה שארץ ישראל זה העיקר. זה גורם לציפיות, וכשהן לא מתמלאות, אז יש אכזבות. בעקבות חז"ל והנביאים אנחנו מנסים להבין אבל אין לנו ודאות. הקב"ה לא מנהל את העולם לפי הבנתנו אנו. יש הנהגה אלוקית ואנחנו לא יודעים להגיד שאנחנו מבינים אותה. אם אנשים היו יודעים שלא כל דבר אנחנו מבינים ואנחנו רק משתדלים להבין, לא היינו מגיעים לאותן בעיות קשות".
האירוע המרכזי לציון ארבעים שנות הישיבה התקיים באסרו חג של חג השבועות תשס"ח. מאות בוגרים התכנסו ובאו למתחם הישיבה באלון שבות ליום שכולו שיעורי תורה, מפגשים ודיונים על דרכה של הישיבה. בסופו של היום התקיימה עצרת גדולה באלון שבות. הרב עמיטל, כהרגלו באירועים כאלו, היה אחרון הדוברים בעצרת וכדרכו ריגש את כל הנוכחים בדברים שנשא. "אני מרשה לעצמי לומר דברים שלא הרשיתי לעצמי לומר במשך ארבעים שנה', אמר הרב בקול רועד. 'הקב"ה זיכה אותי להיות ראש ישיבה. מאז רבי עקיבא עוד לא היה ראש ישיבה שלימד תורה ואחר כך החבר'ה הלכו להילחם וחזרו מהמלחמה לבית המדרש. זוהי תופעה היסטורית. ארבעים שנה אני מחזיק את זה אצלי ולא היה לי אומץ להגיד את זה. באתי מאירופה לבדי, בחסדי ה', ופתאום מצאתי את עצמי צריך להכניס אופטימיות ואמונה בישיבה אחרי שתלמידים לא חזרו מהמלחמה. כולם ציפו ממני לעידוד ואמונה והקב"ה נתן לי כוח. זה ברור לי רק בדרך אחת - שאני מייצג את רבותיי שנשרפו באושוויץ וחבריי איתם. זה נתן לי את הכוח להקים ישיבה ולעמוד בראשה". בסיום דבריו הנרגשים קרא הרב עמיטל לתלמידיו: "בואו נשמח יחד שהייתם תלמידים של הישיבה" ופתח בשירת "עתה בנים, שירו למלך". תוך רגעים מעטים פצחו מאות הבוגרים וילדיהם בשירה ובריקודים סביב הרב עמיטל.
מתוך פרק חדש בספר 'באמונתו' שיצא לאור השבוע במהדורה חדשה, לקראת יום פטירתו של הרב עמיטל זצ"ל.