עשרה ימים אחרי שהוגשה תכנית הגיור של השר לשירותי דת מתן כהנא, כתב חדשות 12 יאיר שרקי מדווח הערב (שבת) כי דווקא הרב בניהו ברונר, שמונה על ידי כהנא לעמוד בראש מערך הגיור מביע התנגדות לחלקים רבים בתכנית הדגל.
בשיעור שבועי שמסר הרב ברונר, הוא מתייחס למספר נקודות בקשורות לרפורמת הגיור, הראשונה שבהן - בכך שאין בה מענה לבעיה הלאומית, הרחבה יותר: "בא פה איזה שר ואומר יש לי אחריות לאומית, אני רוצה לתת פתרונות. אני לא אומר שהפתרון שלו זה הפתרון, ואני גם לא בטוח שאם הפתרון הזה ייושם אני לא רואה תורים ליד הרבנויות".
"זה כאילו לפתוח פתח שיעקוף את הרבנות הראשית וזה גם דבר בעייתי מאוד", אומר ראש מערך הגיור החדש בנוגע למתן סמכויות גיור לרבני ערים. המחלוקת המשמעותית לדבריו היא סוגיית גיורי קטנים, דבר שהרבנות אוסרת: "זו שאלה כבדה, אני לא שקט עם האופציה המקלה".
לרב ברונר יש גם טענות כלפיי הרבנים הראשיים שלא עשו דבר במשך השנים כדי לפתור את הסוגייה: "השאלה כמה הרבנות יושבת על המדוכה לפתור את הבעיה הלאומית זו שאלה קשה. מצד שני גם ללכת נגד הרבנות זה דבר מאד קשה. צריך לזכור שרבני הערים הוסמכו על ידי הרבנות הראשית. זה לא רבנים רפורמיים. מבינים את המורכבות פה? עד עכשיו מועצת הרבנות לא ישבה ושברה את הראש איך פותרים את הבעיה הלאומית", אומר הרב ברונר אך מסייג: "צריך שתהיה מטריה אחת. לשבת ולמצוא פתרון. הפתרון צריך להגיע מהרבנות אל ההנהגה הפוליטית".