לאחר הסערה סביב טיפולי הראיון בו התבטא הרב פרץ בעד טיפולי המרה לבני נוער מקהילת הלהט"ב, הוציא שר החינוך הטרי מכתב למנהלי ומנהלות בתי הספר בו הוא חוזר בו מהדברים שנאמרו בראיון.
במכתב כותב הרב פרץ: "מעולם לא הפניתי כתף קרה או הצעתי לעשות טיפולי המרה, להם אני מתנגד בתוקף".
https://www.kipa.co.il/userFiles/files/21f6733afebe4c82d3037a7c89bc4c66.pdf
עוד הוסיף הרב פרץ כמענה למכתבם של המנהלים כי: "אני יודע שטיפולי המרה הם דבר פסול וחמור, זוהי עמדתי והיא אינה לשני פנים".
הרב פרץ מסתייג את דבריו וכותב: "עם זאת זכותם של בעלי נטייה חד מינית לפנות ולמצוא אוזן קשבת ועזרה אצל הגורמים המקצועיים בדרך מכבדת ואוהבת".
שר החינוך חותם את מכתבו: "מערכת החינוך בראשותי תעמיד בראש סדר העדיפויות שלה את החינוך המכיל, לכל ילדי החברה הישראלית, על כל מגדריה, גווניה, קהילותיה ואמונותיה".