ראש העיר ירושלים ניר ברקת הכריז יחד עם משפחות שלושת הנערים החטופים, על "פרס ירושלים לאחדות ישראל", פרס חדש שיוענק מידי שנה על פעילות למען אחדות העם. הפרס מהווה את מפעל ההנצחה הראשון לשלושת הנערים.
הפרס שיזם ברקת לו שותפים המשפחות, ארגון גשר ופדרציית ניו יורק, יוענק מידי שנה ביום השנה לרצח שלושת הנערים במסגרת כנס שנתי שיעסוק בדרכים לקידום אחדות העם, ובו ייטלו חלק מנהיגים יהודיים מהארץ והתפוצות. הפרס בסך 100,000 ₪ יוענק לעוסקים במלאכות אלו ויינתן לאישים או ארגונים העוסקים בנושא "אחדות העם בישראל".
לצורך הפרויקט גייס ברקת 2 מיליון דולר מתורמים, שישמשו ליישום הפרויקט בשלוש השנים הראשונות, כאשר במהלך השנה ייערכו פעילויות חברתיות וחינוכיות במטרה להעצים ולשמר את רוח האחדות במשך כל השנה כולה. לפרויקט נרתם ארגון גשר שייקח חלק בפעילויות החינוכיות במשך השנה ובבחירת הזוכים בפרס.
ראש העיר ירושלים ניר ברקת ציין כי "היוזמה ל'פרס ירושלים לאחדות ישראל' התגבשה אצלי בעת ביקורי התנחומים שערכתי לאחר החטיפה של נפתלי, גיל-עד ואייל. המשפחות הפכו לסמל של עמידה איתנה, אמונה בדרך, תפילה ואחדות של כלל העם. בביקורי בבית המשפחות הצגתי להם את היוזמה ולשמחתי זכיתי להסכמתם ותמיכתם. אין מתאימה מירושלים לעיר שתייצג את נושא הפרס. ירושלים עושה כולם חברים והיא הסמל לאחדותו של עם ישראל".
בת גלים שער, אמו של גיל-עד שער ז"ל, אמרה כי היא "מתרגשת מהיוזמה ורואה בהענקת הפרס הזדמנות להעצים עשייה חברתית שתשמר את הרוח של האחדות שכל עם ישראל חווה בקיץ האחרון". רחלי פרנקל, אמו של נפתלי פרנקל ז"ל הדגישה כי "הפרס יהווה מנוף לחיבור בין כל חלקי החברה הישראלית והעם היהודי בתפוצות", אורי יפרח, אביו של אייל יפרח ז"ל, הודה לראש העיר על היוזמה שתנציח בצורה המיטבית את הבנים ותביא לכך שזכרם ישולב בקידום מטרות מקודשות אלה".
אילן גאל-דור מנכ״ל גשר הוסיף כי "בפתח השנה החדשה המשימה הראשונה במעלה היא קידום החיבורים בעם ישראל. המשפחות המדהימות מהוות השראה לנו בגשר ולכל החברה להמשיך במשימה. תחל שנה וברכותיה!".
"פרס ירושלים לאחדות ישראל" הוא הפרס הראשון שמוענק על עשייה למען עם ישראל ובוועדת הפרס יישבו: ראש העיר ירושלים ניר ברקת, נשיא גשר הרב ד"ר דני טרופר, נציגי המשפחות ואישי ציבור.