בפסוקי התורה המתארים את מצוות ספירת העומר מופיעה המילה 'שבת' שלש פעמים במשמעויות שונות, ובכל פעם אין הכוונה ליום השבת - היום השביעי בכל שבוע, כפי שאנו רגילים לפגוש את המשמעות הרגילה של המילה שבת.
"וספרתם לכם ממחרת השבת": מפורסמת מחלוקתם של הצדוקים, שפירשו 'ממחרת השבת' – שבת חול המועד פסח, שרק לאחריה מתחילים לספור ספירת העומר. כך לפי הצדוקים באופן קבוע היו מתחילים לספור ביום ראשון, וחג השבועות היה גם הוא חל באופן קבוע ביום ראשון. אך חכמים פירשו על פי מסורת תורה שבעל פה, שכאן 'ממחרת השבת' משמעותו ממחרת יום טוב ראשון של פסח, שאף הוא נקרא שבת.
"שבע שבתות תמימות תהיינה": כאן הכוונה היא כמובן 'שבעה שבועות', וכפי שמפורש בספר דברים (טז, ט): "שבעה שבועות תספור לך, מהחל חרמש בקמה תחל לספור שבעה שבועות".
"עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום": כאן שוב בפשטות הכוונה היא עד ממחרת השבוע השביעי (וכך פירש רש"י).
אלא שעדיין עלינו לברר, מדוע התורה מכנה את יום טוב ראשון של פסח 'שבת', וכן מדוע היא מכנה כך את כל שבעת השבועות של ספירת העומר. ונראה שעל ידי דיוק לשוני זה מתבררת מחדש גם מהותה של השבת, וגם משמעותה של ספירת העומר.
"וישבות ביום השביעי מכל מלאכתו אשר עשה" – השבת היא שביתה ממלאכה, האדם פוסק מיצירותיו החומריות המתקנות את העולם הגשמי, ומתפנה לעסוק בתיקון הרוחני. במהלך זה של תיקון רוחני, משווה ר' יהודה הלוי בספר הכוזרי (מאמר שלישי אות ה') בין השבת לבין שלש התפילות שבכל יום: "בדרך זו תהיה שעת התפילה לחסיד כגרעין הזמן ופריו, ושאר השעות תהיינה לו כדרכים המוליכות אל שעה זו, שלבואה הוא מצפה… וכשם שהיו לו שלש עיתות התפילה שבכל יום – פרי יומו ולילו, כך יהיה לו יום השבת לפרי השבוע, כי יום זה מזומן להדבקות בעניין האלוהי". השבת היא הפרי של כל ימות השבוע – כל העמל הרוחני של האדם בכל השבוע בא לידי ביטוי בשבת, שהיא המרכז הרוחני של כל השבוע כולו. אך השבת איננה רק פרי השבוע שעבר, אלא גם גרעין הזמן של השבוע הבא, שכן ככל שיעמול האדם בתיקון הרוחני בשבת, יוסיף כוח ועצמה לימות השבוע שאחריו.
על פי עיקרון זה מובן, שגם פסח, וגם כל יום מקרא קדש שבתורה, הרי הוא גם כן שבת – יום שבו שובת האדם מהיצירה הגשמית ועוסק בתיקון הרוחני. וכך גם כל ימי ספירת העמר, אף שאין בהם איסור מלאכה, הם ימים שקיימת בהם בחינה של שבת, וכולם מיוחדים ומיועדים לתיקון והתקדמות רוחניים.
ימי ספירת העומר מהווים יחידה אחת של ספירה הולכת ומתקדמת – כל הימים הללו הינם מהלך אחד של תיקון ועלייה של הכלל כולו ושל כל אחד ואחד מאיתנו. גם ביחס לכלל עם ישראל – העולה ומתקדם למין חג הפסח שבו יצא עם ישראל ממצרים והיה לעם, ועד לחג השבועות ולמתן תורה, שבו מקבל עם ישראל את ייחודו ושליחותו האלוקית כעם ה' בעולם; וגם ביחס לפרט המתקדם ומתקן את עצמו, החל מחג הפסח שבו מקריבים קרבן העמר העשוי שעורים שהם מאכל בהמה, ועד לחג השבועות שבו מקריבים את שתי הלחם, שהם מאפה חיטים, מאכל אדם.
בימים אלו גם מי שבדרך כלל אין לו עסק בנסתרות, נפגש בספירת העמר עם הספירות הקבליות העליונות, שימי ספירת העמר מכוונים כנגדם. כל שבעת השבועות הם כנגד שבע הספירות המתגלות בעולם (שהן שבע התחתונות מתוך העשר), וכל שבעת הימים שבכל שבוע הם כנגד התפרטות כל ספירה לשבע הספירות שהיא כלולה מהם. הספירה של כל יום ויום מתקנת בחינה מיוחדת של התגלות הספירות, וכל מ"ט הימים שאנו מונים הם כנגד מ"ט פנים טמא ומ"ט פנים טהור שישנם בעולם – כל אדם הולך ומתקן את כל הבחינות הכלליות והפרטיות הקיימות בנשמתו, וכל ישראל הולכים ויוצאים מתוך מ"ט שערי טומאה אל הטהרה ואל קבלת תורה בחג השבועות.